1949年8月，东北人民代表会议在沈阳召开，宣告东北人民政府正式成立，会议推选高岗为东北人民政府主席，杜者蘅担任东北人民政府农业部长。直到1954年东北行政大区撤销之前，杜者蘅在东北人民政府先后担任财经委员会副主任兼农业局局长，农村工作部第一副部长并代理部长，为探索建国之初辽宁农业发展及农村合作化运动，作出了可贵尝试和积极努力。
随着东北地区土改运动的基本完成，杜者蘅面对东北平原一望无际的肥沃土地，深感小农经济个体经营已经不适应形势发展了。他根据党中央、毛泽东提出的促进农村互助合作运动的方针指示，亲自到东北各地深入农村调查研究，向东北人民政府提出建议：“土改之后，农村出现了像汪洋大海似的小农经济，这种小农经济可以自发地走向资本主义，也可以有领导地走向社会主义。我们的任务就是坚定不移地引导广大群众通过互助合作，走社会主义道路。”
在农村互助合作运动中，杜者蘅注意克服盲目急进思想，采取逐步推广的办法分步实施，他强调农村合作互助组开始要搞小型的、季节性的，逐步发展为常年的互助合作。至于组织形式，从低级到高级，更要根据群众的亲身体验和现实需要，由点到面，逐步推开。
当时东北部分地区开始出现“合伙组”、“合作社”等自发的农业联合组织，东北局的个别领导不作具体分析，就武断地认为这是“空想的农业社会主义”，要求各地解散这些“不为现时经济条件所许可的生产组织”。
杜者蘅经过调研认为，这种以“土地入股”为特点的建立在私有基础上的合作社，是群众根据亲身经验，本着自愿互利原则建立起来的生产合作组织。在当时生产力水平极其低下的情况下，有它的合理之处，强行将这些合作社“解散”，是不合时宜的。他将自己调查研究的情况不断向东北局进行汇报，并在东北局召开的农村工作座谈会上，积极阐明自己的观点，引起了东北局财经委员会的高度重视，避免了重大政策失误，保护了东北农民开展生产合作的积极性。
1951年12月，中共中央作出关于农业互助合作的决议，以草案形式发给各级党委试行。决议明确地肯定了“在土地私有制基础上的农业生产合作社”，并且深刻指出：“一般地说来，互助合作运动是在具体的曲折的路上前进着的。不问群众的条件和经验如何，企图用一种抽象的公式去机械地硬套，当然是错误的，是会损害互助合作运动的发展的。”
在全面总结东北农村互助合作经验的基础上，杜者蘅参与了《东北区农业生产合作社试行章程》的制定，这个章程经中共中央东北局审查批准后，于1953年1月由东北人民政府农业部颁布实施，杜者蘅作为当时的农业部副部长、代理部长，发挥了极其重要的作用。