新疆是一个多民族地区，古往今来生息着许多不同的民族。在解放以前，由于历代反动统治阶级，特别是国民党反动派对各少数民族残酷的压迫和剥削，造成了新疆各少数民族之间长期的互相歧视和互不信任，因而也阻碍了各民族在政治、经济、文化等方面的发展。
解放以后，包尔汉主持新疆人民政府工作，十分注意加强民族团结，在省政府刚成立时包尔汉就指出：“团结是革命事业胜利的根本保证。在新疆地区，加强民族团结是做好各项工作的关键。没有这一条，要做好任何工作都是不可设想的。”他带领政府各部门，坚决执行党的民族政策，对驻疆人民解放军部队给予热情支持，实行一系列的社会改革，恢复和发展了经济文化教育事业，各民族间建立起平等友爱、互相团结的新关系，为在新疆推行民族区域自治创造了条件。
在党中央和新疆分局的统一领导下，包尔汉主持新疆省人民政府制定详细计划，自下而上地逐步推行新疆各级民族区域自治。在建立各级民族自治地方的过程中，占人口多数的汉族和维吾尔族干部群众，对其他民族给予积极支持和热情帮助，因此被亲切地称之为“老大哥”，其他各民族也以汉族、维吾尔族为榜样，去帮助和关心本自治地方内的兄弟民族。许多地区结合民族区域自治的宣传，调解了不少历史上遗留下来的、不同民族之间的隔阂和纠纷，使各民族大团结日益巩固和加强。巴音郭楞蒙古自治州、博尔塔拉蒙古自治州和布克赛尔蒙古自治县、察布查尔锡伯自治县等地区内一些渊源很深、历史很久的牧草场纠纷、土地纠纷、农牧纠纷等，在互谅互让精神指导下，都得到了圆满解决。
在加强民族团结的基础上，包尔汉带领全疆各族人民，积极开展减租反霸、土地改革等一系列民主改革运动，迅速地恢复并发展了农牧业生产及文化教育事业，改善了各族人民的生活，巩固了人民民主专政，经济建设逐步走上健康发展轨道。在包尔汉的努力下，新疆又恢复了中断已久的同苏联的地方贸易，同时又在新疆境内开展了城乡物资交流。通过这一系列措施，新疆社会得以安定，长期以来失去控制的物价得以平抑，各族人民开始过上了翻身解放的安宁生活。