青海解放初期，敌特散匪还在到处捣乱，社会秩序很不安定，尤其是一些死不改悔的马匪残余，纠集羽翼不断进行叛乱活动，所以剿匪问题便是赵寿山上任后青海建政工作的头等大事。
历史上，青海省就曾是土匪横行的地区。匪首马步芳在逃离青海前，安插潜伏了大批军政要员伺机推翻人民政权，这些匪特暗地串连，秘密策划，进行疯狂的反革命活动。9月下旬，在“解放军军官训练处”受训的赵遂，派原青马568团团长马耀武，以回原籍临夏探亲为名，持赵的亲笔信，策动亲马临夏旧部叛乱。12月5日，马英及原青马14旅副旅长马福旺，纠集青马散兵游勇及胁迫群众5000余人在大通叛乱。同日，门源回教教育促进会会长马成彪发动反革命暴乱。青海省解放前后，湟中县、化隆县、循化县等地均发生反革命暴乱。事实证明，匪不平则政权难以建立，即使建立了政权也难以巩固。只有广泛深入开展平叛斗争，才能把青海的政权建设纳入正常轨道。
赵寿山紧紧抓住剿匪除患这一关键性问题，反复不断地向全省干部和群众进行说服教育，克服干部和部队中的轻敌麻痹思想和骄傲自满情绪。在剿匪过程中，赵寿山再三强调“军事清剿与政治瓦解并举，并且互为侧重”的方针，要求剿匪部队大股大剿、小股小剿，有匪剿匪、无匪就做群众工作，注意利用匪股矛盾，分化瓦解，把匪首和一般匪众相区别，把马匪和被裹胁的各族群众相区别，针对不同情况，分别对待。
赵寿山确定的这一方针，在青海省的剿匪工作中发挥了很大作用。青海省的剿匪工作在全省军民努力下取得很大胜利，仅仅一年便毙伤匪特2000多人，俘匪和受降3000多人，极大地打击了敌人的嚣张气焰，稳定了社会秩序，为建设新青海扫清了道路。接下来，青海的建政工作稳步进行，先后建立14个县市政权，开始逐步推进各项安定社会的政策措施。