解放战争时期，中共陕西省最高领导机构为中共陕西省工作委员会（简称省工委）。1947年3月，省工委与关中地委合并。在此前后，在关中地区相继建立了中共西安市委和西府、宝鸡等地委。这时没有统一的全省领导机构，各市、地委直属中央西北局领导。
1949年4月21日，毛泽东主席和朱德总司令发出了向全国进军的命令，中国人民解放军第一野战军迅速解放了陕西渭北各县，进逼西安。5月20日西安解放后，中共中央西北局于6月13日由延安迁至西安，随即着手组建中共陕西省委。1950年1月6日，中共中央批准陕西省委人员组成，任命西北局第三书记马明方为省委书记。1月10日，陕西省人民政府在西安群众堂正式成立，同日颁布《第一号布告》，马明方任省人民政府主席。在陕西省委成立之前的1949年12月，陕西军区已经成立，下辖第19军兼陕南、陕北等6个军分区，司令员由第一野战军猛将杨得志担任，马明方任军区第一政委。这样，马明方集党政军三个重要领导职务于一身，开始了主政陕西的历程。
解放初期，陕西土匪大多分布在大巴山区、秦岭及麟游山区、黄龙山和榆林沙漠地带。他们凭借复杂的地形和熟悉的社会关系，破坏交通，抢劫人民财产，杀害干部群众，策划反革命暴动，妄图颠覆新生的人民政权。
马明方上任后，首先面临的是如何建立稳定安定的陕西社会秩序，他遵照毛泽东关于“必须坚决地肃清一切危害人民的土匪、特务、恶霸及其他反革命分子”的指示，在中央和西北局、西北军区的领导下，迅速部署开展了大规模的剿匪斗争。
针对陕西的匪情，马明方主持省委、省政府制定的剿匪基本方针是：公开斗争与隐蔽斗争相结合，政治斗争与军事斗争相结合，大力开展群众性的剿匪肃特工作。
在党委层面，马明方主持中共陕西省委于9月17日发出《关于剿匪工作的指示》，要求各级党委在9月、10月两个月内必须抓紧时间，集中一切力量剿灭土匪，坚决落实“发动群众，结合军事清剿，进行政治瓦解，以足够兵力坚决消灭股匪，搜捕散匪”的方针，同时加强剿匪工作的组织领导。
在政府层面，马明方组织陕西省人民政府于10月30日发出《关于清匪肃特的指示》，要求各级人民政府和人民团体，坚决贯彻“军民结合，剿抚兼施”的政策，动员民兵干部和广大群众，与部队密切有效的配合，广泛宣传土匪特务对社会治安和人民生活的危害，宣传人民政府剿匪的决心，强调各地人民政府应负责解决剿匪部队的粮食运输等问题。
在军事方面，马明方与军区司令员杨得志统一组织商洛、汉中、咸阳等军分区地方武装力量，紧密配合第55师、第57师等正规部队，重点清剿陕南东部和川陕交界一带的土匪。军区政治部专门下发了《剿匪工作指示》，马明方从加强政治领导的角度，强调执行“政治进攻为主，军事进攻为辅”的剿匪方针和“首恶必办，胁从不问，立功受奖”的政策，同时要发扬“不避风雪，不怕严寒，不怕翻山奔袭夜袭、不怕扑空的精神”，“务求结合发动群众，根绝匪患。”
1951年，在马明方的统一领导下，陕西省委、省政府和陕西军区提出年内在交通沿线和腹心地区捕尽匪首，收尽藏枪，清除匪患，在巴山和邻省地区消灭股匪的目标。马明方要求各地详细研究匪情，加强和调整力量，把减租反霸与清匪肃特密切结合，限期捉尽匪首惯匪，迅速召开公审大会，处决若干罪大恶极的匪霸，广泛发动群众控诉检举土匪，适当救济贫困农民。
在马明方的坚强领导下，短短一年多的时间内，全省军民团结剿匪，取得了很大成绩，铲除了社会不安定因素，巩固了新生的人民政权，也为最终清除陕西匪患奠定了基础。