清军攻破北京后，李自成被迫率军撤出，一路退至西安。尽管当时起义军损失惨重，但并未伤及元气，在陕西及黄河一带尚有很强势力的。可李自成等人在军事上不仅未作比较周密的部署，反而听信谋士牛金星的挑拨，诛杀李岩等大将，使大顺政权领导层出现了裂痕。与此同时，清军分兵两路，一路由英王阿济格为靖远大将军，另一路则由豫王多铎为定国大将军，两军直扑西安，打算彻底消灭这支起义军。顺治二年（1645年）五月，李自成率兵自陕西商洛山区退往湖北，驻扎在武昌。这时大顺军尚有部队五十余万，分为四十八部。清军又分水陆两路突然袭来，李自成乃由武昌退到湖北通山。五月四日，李自成率十八骑到通山县的九宫山一带阅视道路，突然遭到当地团练的袭击，李自成牺牲于乱刃之下，时李自成三十九岁。至此，李自成起义虽然推翻了明朝统治，最终还是以失败告终。
