1.皮肤症状
皮肤症状为抗甲状腺药物最常见的毒副反应。由于过敏反应而出现皮肤瘙痒、皮疹甚至皮炎等，皮疹常为黍粒样，使用他巴唑比用丙基硫氧嘧啶（PTU）发生者多，如加用抗过敏药物多数可缓解，少数患者则需更换另一种抗甲状腺药物。
2.粒细胞减少
粒细胞减少为抗甲状腺药物最严重的毒副反应，发生率约1%～5%，多见于用药后3～6周，个别病例用药后期仍可发生，一般出现咽痛、发热、粒细胞不升（中性粒细胞少于1.0×109/L）。粒细胞不升则意味着粒细胞缺乏症的出现，如白细胞总数低于2.5×109/L或中性粒细胞少于1.5×109/L时，须立即停用抗甲状腺药物，加用升白细胞药、广谱抗生素及肾上腺皮质激素，并做相应的处理。
3.其他少见的副作用
其他副作用有肝损害、胃肠道反应、血小板减少、贫血、关节痛、肌痛、鼻炎、结膜炎、唾液腺炎及泪腺炎、水肿、脱发、腹泻等。