在非洲的马达加斯加岛西北部的一个村子附近，人们无意中发现一种包裹着鱼的石头。从外表看，这些石头与普通石头没有什么区别，扁平的样子，呈灰黄色。然而，如用锤子敲击石头的侧面，石头会分层裂开。从裂开的对称石质面上，可以清楚看到一条较为完整的鱼深深地嵌在石面上。鱼的文路清晰可辨，形状、大小和今天热带海洋中生活的一种鱼差不多。经过古生物学家辨认，这种鱼在地球上早已绝种。由于这种鱼是化石饼层内发现的，人们就给它起了个名字，叫它石鱼。经初步鉴定，这种石鱼可能生活在1.8亿年前的古海洋中。经过研究，人们惊奇地发现，绝大部分的化石饼中的鱼，都保存完好，放到显微镜下都能看清石鱼的眼神经和颈动脉痕迹。
在研究探讨石鱼的过程中，有关石鱼的种种疑问被一个个提出来了，一些问题至今还没有找到今人信服的解释。
第一个疑问是，这种古海洋中的热带鱼是怎么进入“石套”中的？
从人们获得的化石资料看，几乎每块石饼的形状和它内部所包藏的鱼都差不多，因此完全可以确定，它们都是同一种鱼。因此，人们这样解释这些鱼的“石化”过程：大约在亿万年前，在有机体腐蚀和其他化学作用下，海水中产生大量的氧化硅结晶体。一群群的鱼突然遭到某种外力的作用，例如大规模的火山喷发或是大地震，使鱼群死亡。氧化硅结晶体把死鱼包裹起来。开始时，鱼身上的硅化物呈膜状，可能并不厚，但随着时间的推移，硅化物越结越厚，把鱼从外面用石质全部套起来了。
但是，质疑也由此提出来了，假如这些鱼果真是在一次大的火山喷发中被“石化”的，那么，在这些化石中，为什么只有这一种鱼，而无其他的海洋生物？而且，鱼是非常容易腐烂的有机体，为什么这些鱼能如此完好地被保存下来？
第二个疑问是，这种鱼为什么在马达加斯加岛上能够存在，而且数量那么多？在别的什么地方也会有这种鱼吗？果然，人们又在北海格陵兰海和斯匹次卑尔根海岸的岩石中，也发现了这种石鱼。人们把这几处发现的石鱼标本比较研究，发现它们之间很相似，不仅它们石化的时间差不多，其鱼类的类别也差不多。这就是说，地球各处的石化鱼的石化过程是一致的。那么，从今天的地理环境看，北海和马达加斯加岛之间，相隔数千千米，可见这种鱼在当时的古海洋中分布是很广的。然而，事实上这种被石化的鱼是在后来的中生代才形成“化石饼”的。那么，这种古地质变化在地球上可能发生过不止一次，或者说，这可能是在不同海域中分别发生的。