几天后，“贝格尔”号又离开了拉普拉塔，沿着海岸继续向南驶去，以便对海岸进行详细的观察。可是好天气没有维持多久，很快就又是狂风暴雨、海浪滔天。这种天气持续了一个星期，达尔文无法进行正常的测量工作。不仅天气不好，“贝格尔”号上的锚，也曾两次折断，随时有搁浅的危险。
“贝格尔”号最后终于驶进了布兰卡海湾，这里是一个风平浪静的好港湾。费茨·罗伊在这里拜访了一位小帆船主哈里森。哈里森对港口的情况非常熟悉，他把“贝格尔”号引到一个能进行修理的停泊处。费茨·罗伊和达尔文沿着通往居民区的海湾支流艰难地逆流而上，在这里达尔文第一次看到一小群高楚人。费茨·罗伊舰长打算长期租哈里森的几只小帆船，去进行勘察，达尔文却愿意坐“贝格尔”号返回蒙德维的亚，也许他认为那样粗糙的收集得不到好的资料。
在长满了青草的潘帕斯草原可以狩猎，捕猎的对象主要是鹿、鸵鸟和刺鼠，这都是些相当大的尖嘴啮齿动物。高楚人用系在一根长绳上的重球来捕捉鸵鸟，达尔文也想试一下这种新式的运动，想不到他却用绳索套住了自己骑的马的脚，引得旁人大笑。总的来说，打猎没有收获，倒是发现了骨化石。9月22日，费茨·罗伊、谢利万还有达尔文一起在一个海湾周围航行，在彭塔阿尔塔发现了几个含有贝壳化石和骨化石的山岩。这个地方虽然风景不美，但气候温和，海水也很平静。化石引起了达尔文的注意，第二天他又设法来到了离“贝格尔”号16千米远的彭塔阿尔塔，在那里他在含石灰质少的岩石中挖掘出了一个与犀牛颅骨很相似的大型动物的头骨。这很像是一个现在被列入古代有蹄类的箭齿兽的头骨。第二天他在原来的地方又发现了一些化石。连续10天的坏天气使他的考察中断了，但他也有了不错的成绩。
10月8日早晨，他又去彭塔阿尔塔采集标本。他又有很大的收获，挖出了一个巨大的大懒兽的颔骨，这是居维叶早就确定的树懒科。而他又发现树懒一直生存在一个洲，但是颔骨却是从有现代贝壳的土层里挖掘出来的，这就清楚地证明了赖尔的观点是正确的，而灾变论者的观点是错误的。这天他还抓住了一条蛇，根据它的特征，他判断这是条毒蛇，奇怪的是其尾端有一个坚硬的像响尾蛇那样的发响器。他还捡到了一些美洲鸵鸟蛋，相当于鸡蛋11倍重。
达尔文在快要离开布兰卡港的时候，仍然很有毅力地到彭塔阿尔塔去寻找骨化石。但是他也不单单是寻找化石，他还单独一个人访问了埃尔多拉多，在那里挖掘出了一些骨化石。10月17日，当“贝格尔”号离开布兰卡港，向蒙德维的亚驶出的时候，那几只坏了的小帆船也已经修理好了，立即被用于勘察工作。只留下来两只，一只归斯托克斯指挥，另一只归韦尔姆指挥。达尔文的好朋友海军见习生金克留了下来，达尔文同他们在一起，帮助他们完成工作。
“贝格尔”号到达布宜诺斯艾利斯，在那里稍作游览，达尔文又随同“贝格尔”号到了蒙德维的亚，在那里他又进行了一次游览。为了把船上的几名火地岛人送回故乡，“贝格尔”号又联合了几只小帆船于11月28日向火地岛开进。
这次航程，比较顺利。在船长费茨·罗伊的指挥下，“贝格尔”号向火地岛驶去，他们绕过着名的合恩角——火地岛的南岸，在约克·明斯特尔的附近登陆。经过了麦哲伦海峡入口以后，原先单调而荒凉的海岸，现在却变成了平坦的低岸地带，悬崖峭壁上长满了灌木丛和林木，后面是一座高大的雪山。12月17日，为躲避从山上突然刮来的暴风，“贝格尔”号绕过了东火地岛的顶端圣迭戈角，停泊在好结果湾。
“贝格尔”号本来想绕过合恩角，但由于冰雹的袭击，船长决定停止前进。然而最后的一场暴风雨还是给“贝格尔”号造成了不小的损失。达尔文的搜集品也有一些损失。
1833年1月11日，“贝格尔”号到达约克·明斯特尔山附近。海上又起了大风暴。“贝格尔”号为防止被岸边的激浪打破，又退回海上。翌日，风暴更加猛烈，而13日风暴依然大施淫威。天空中除了无数飞溅的水珠外，周围什么都看不见。
海面显出一副凶相，它好像是一片阴惨惨的有着一条条堆雪地带的平原在起伏翻腾着，将近午时，一个巨浪翻滚到“贝格尔”号上，灌进舰上的一只捕鲸艇里，因此舰长不得不下令立刻割断它的缆索舍弃它。可怜的“贝格尔”号也因为受到浪击而颤抖起来，有几分钟不能够听从舵的指挥；但是不久，这只驯良的船只又恢复了正常状态，并顺风驶去。假若这时再来一个巨浪，“贝格尔”号就将葬身鱼腹了。达尔文在《考察日记》中用诙谐的笔调写道：“当你考虑到自己势必要在这个最着名的地方遇到恶劣的天气，又是乘坐这种通常认为不能用以环绕合恩角航行的船只，那你就会感到满意。比我们这只能在水中浮沉的小鸭子更能经受这种恶劣天气的船只是为数不多的。”