1831年8月，汉斯罗教授想推荐达尔文去参加一次环球旅行，于是给他去了一封信。他告诉达尔文说，政府要派一只船前往南美洲最南端做地形调查，途中将访问南海的许多岛屿，然后经印度群岛返航。作为一个博物家如果失去这个利用船上先进测量仪器的机会，将会很遗憾。
达尔文非常想接受这个聘请。但是父亲却坚决反对，他只好回信谢绝了聘请。
父亲虽然不同意达尔文的旅行，但他后来又说：“如果有一个理智的人让你去参加，我就不反对。”
第二天一早，达尔文就到美尔堂的舅父家，本来是准备去打猎。但当他把汉斯罗来信的建议和自己的心情，向舅父一家人说了。舅父一家都主张他接受邀请去旅行，不要错过了这个机会。舅父要他一起坐马车赶回希鲁兹伯里去同他父亲商谈，因为舅父认为达尔文接受建议随“贝格尔”号出海航行是明智的行为。在达尔文父亲的心目中，达尔文的舅父是世界上最有见识的人士之一，因此，达尔文的舅父一开口，他父亲立刻就极其和蔼地表示同意达尔文去航海考察了。达尔文觉得自己应说些什么来对父亲的许可表示感谢，让父亲能够放心，因此就安慰父亲说：自己要改掉在剑桥大学时挥金如土的毛病，上了“贝格尔”舰以后，在花钱方面，一定要拿出神奇的本领来，决不超出父亲允许给的定额。可他父亲却付之一笑，反驳说：“可是他们大家都对我说过，你花钱的本领才是真大哩！”
得到了父亲的许可，第二天达尔文便离家前往剑桥，去见汉斯罗。达尔文同汉斯罗见面后得知，他的一位名叫伍德的熟人，是费茨·罗伊的密友，伍德也向费茨·罗伊推荐过达尔文。但是费茨·罗伊表示不喜欢和达尔文一起工作。这对达尔文来说，不啻于当头一棒。他肯定这次旅行告吹了，但是他还是按原计划，来到了伦敦，并且抱着侥幸的心理去拜访了费茨·罗伊舰长。费茨·罗伊热情地接待了他，为自己的信解释说，当时他希望他的朋友切斯捷尔先生能同他一道去。就在达尔文来之前5分钟，他收到了切斯捷尔谢绝前往的通知。所以，这个位置还是空缺的，达尔文来填补这个空缺是再好不过了。很久以后，当他们成了好朋友时，费茨·罗伊向他坦白说，他当时差一点因为达尔文的鼻子长得难看而拒绝。因为自己是拉法捷尔的狂热崇拜者，而拉法捷尔曾教导他说，有着像他这样鼻子的人，不具备航海所需要的精力和决心。显然他当时是把担忧藏在心里，否则不会立即同意的。达尔文喜欢费茨·罗伊那种热情直率。而对于费茨·罗伊来说，他现在最关心的是是否有一个能够在旅行中共患难的知己，要是旅伴不好的话，将是他最大的不幸。他把自己的书籍和自己船舱里的用具及武器拿出来与达尔文共同使用，他还让达尔文同他一起用餐。因为他认为有必要先小人后君子，所以还告诉他，军舰小、住处挤、伙食差。费茨·罗伊还补充说：“我想一个人住一间舰长室，我认为是应该的。如果您同意这一点的话，我们就算达成了协议；如果不同意，那我们就分道扬镳。”
他们开始讨论探险、航线，以及旅行收获等问题。唯一遗憾的是，海军部决定这次航海的目的地只是南美洲和火地岛的海岸。环球旅行只是费茨·罗伊个人的计划，海军部一直未同意这个计划。达尔文决定，如果环球旅行能够得到批准，他就为自己定一份详细的旅行计划。至于费用问题，费茨·罗伊告诉达尔文：“您一年要付的伙食费是30英镑。加上在舰上所需的全部装备费用，您的花费应该不会超过500英镑。”费茨·罗伊担保说，如果达尔文实在受不了海上的恶劣天气，随时可以返回。如果他愿意，在测量研究期间，达尔文有权使用一艘小船，还有权上岸搜集标本。
在费茨·罗伊这里，一切都很顺利。达尔文从他那里出来后，又来到了海军部，同水文地理学家博福尔特进行了讨论。博福尔特告诉他，他已被编入了供粮名册，所以能领取和其他军官相同的费用。博福尔特还告诉他说有希望经太平洋和印度洋返回。
达尔文对这位才23岁、矮个子、黑皮肤、长相不错的年轻舰长的第一印象很好。舰上的其他工作人员有：两个尉官——季·韦尔姆和布·谢利万，1名医生，10名军官，1名水手长，42名水兵和8名少年见习水手。此外，舰上还有1个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人，1名美术家和1名绘图员斯托克斯，1名曾去过火地岛的传教士和3名火地岛人。
在汉斯罗的推荐下，达尔文请教了几位旅行家以便购买航海用具。达尔文在准备行装的同时，还抽时间学习了如何确定地方的经纬度。因为每逢举行国王加冕典礼仪式时，所有的店铺一律停业，所以他们的购买工作只得中断。由于“贝格尔”号的启程日期一推再推，于是达尔文于9月22日回到了希鲁兹伯里，与父亲和姐妹们小聚。10月2日，他离开家，在伦敦购买东西为航行做准备。10月24日，他来到“贝格尔”号停泊地普利茅斯，等待启航。
达尔文在9月份曾去参观过“贝格尔”号，那时的它让人难以相信能经得住环球旅行，它甚至没有桅杆。被重新改造后的军舰，布局更加合理，船体更加坚固，也更便于船员使用，无论是安全系数还是方便程度都大大提高了。当达尔文在10月份再次来到普利茅斯时，船员们正在忙着给船首部分刷油漆和装修船舱。达尔文很快就同这些军官水手打成了一片。他还同斯托克斯在普利茅斯近郊散了几次步，一起测量太阳的高度、使用磁性仪器。有时会碰上讨厌的下雨天，一般在这种情况下，达尔文就呆在家里读点书。在其他日子里，他有时同费茨·罗伊在一起，有时和水兵们一起用餐，或同他们在一起做一些观测，有时同博物学家们以及鱼类学家哈米尔顿·斯米特还有物理学家哈里森在一起。