1842年达尔文曾到过梅尔和希鲁兹伯里这两个村庄，并在那里小住了几天。
从感到不舒服的烟雾弥漫的伦敦来到农村，来到了空气新鲜的地方，达尔文本应让自己休息一下，但是，他已习惯于工作，而在这里他只是“使自己”改变工作的题目罢了。
可能是因为撰写地质论文的细致工作使他有些疲倦，他需要把这一工作暂且搁置，他非常喜欢思考和修改关于物种的笔记。他深信，物种总是变化的，一些物种可以演变成另一些物种，但他又知道，这种意见可能会遭到强烈的反对，目前还存在着一些问题。对所有这些困难都要进行分析，困难到什么程度，他自己清楚。无论在任何情况下，他都不会再相信物种是可以创造的，这是个非常严肃的问题。他要写出一本书来，一本公正诚实的书，来表达自己的信念和自己所有的疑虑。因此，应当比较明智地做事，应当不致吓跑读者、从读者能够同意的东西开始。而任何一个只要稍微懂得一些畜牧业和有植物栽培经验的人都会知道，人是如何在有力地改变着动植物，培育出大量的新品种。为什么人能够改变的动植物不能够被自然界所改变呢？首先应该说，人在培育新品种时使用的手段，实际上就是自然界在创造那些变成物种的生物时所用的手段。如果用这样的形式去阐述进化思想，读者也许就不会抛弃这本书，并对自然界中各种形态进化的可能性感兴趣。然后就举出赞成和反对各种物种都起源于共同的祖先这一学说的尽可能充分的证据。这一论断确定了未来这本书的提纲。
应该说不是杂交本身有什么意义，而是为了杂交要挑选畜牧家希望发展的那种品质最好的种畜，这对于培育出新品种是最重要的……在许多发芽的植物当中，即使它们是出自于同一果壳，植物栽培学家也会把最符合他意愿的优良的植物留做种子……选择，选种，人就是用这一手段来培育新的变种、变族或品种的。但是，为了选择，必须从什么东西中挑选，使好的动植物能传种接代，而使坏的动植物尽可能不再有后代。在这里，他想起了不久前读过的米勒的书，上面说：在同一时间生下来的孪生子女，很显然在母体中是生活在同样的环境中，受到同样的影响，然而往往在诞生时就有很大的差别了。就是同一窝崽子，在色彩和品质方面也会有差别，尽管它们生活的条件看起来完全一样。同样，平常用同一个果壳里的种子，种在同样的土壤里，在同样的条件下，却会长出彼此不同的植物，而植物栽培学家就是利用这种差别来选择良种的。
“变异”看起来是伴随着繁殖的过程而进行的，但在实践中人们却总在利用它。
达尔文把繁殖器官变化的不同显性写在草稿上。但是，当他想起畸形的情况，又想起了英国的植物栽培学家称之为“飞跃”，这种一下子离开正常类型的植物。
为什么人们用不同种类的动物做种畜，而用不同种类的植物做种子呢？除了保持得到的已被加强的新品质外，还要防止与不具有这种属性的类型进行杂交的影响。如果杂交是偶然的或自由的，杂交物一定会失去其优秀的特征。他将所有的怀疑在《概要》中也提到了。
达尔文提出了影响生物的两种方法。第一种是外部条件的直接影响，例如营养对动物生长的影响；第二种是间接的，如肥猪的出现是由于在市场需要的压力下，人通过选择小的变种培育出采购动物油脂的商人所需的特种猪。
由于人不能很好地做判断，只选择对人有益的物种，而不管这些物种是否适应生存，这暴露了人工选择的不足之处。所以，他只概括地指出了“改变家养生物的各种原理”，他后来称之为“人工”选择。同生殖有关的变异提供了选择的可能性，原因是从事选择的人，把选择出的生物的特征固定下来并积累起来。他后来尝试把这些原理用于自然界中的野生类型。虽然当时达尔文还认为，变异在自然界中比在家养状态中要少，但他后来搜集的材料使他深信自然界中的变异并不少。
自然界中的巨大变化也应该在生物中表现出来，受环境的直接影响。
如果有一种能了解动植物微妙关系的超自然的东西，能够像人一样可以在对他有益的基础上对家养的品种进行选择，选择出所有偶然出现的多少对生物有益的变化的话，那么，这种合理的、适应性的发展则是可以理解的。他指的不是“造物主”，而是在寻找“自然的原因”。因为自然中没有这样的具有特殊洞察力的东西，他就在按几何级数增加中，在“生存斗争”的原则中寻找可以取代这种东西的第二种原因。达尔文指出，由于变异性小，自然界选择出的东西很少，但要求严格，也很可靠。
人的选择和自然界的选择之间看起来毫无关联了。但是达尔文知道，他将要面对两种主要的反对意见：第一，差别的大小；第二，家养的变种彼此杂交的生育力大的情况和自然界的物种杂交的不育情况。这迫使他花了很多时间来研究在物种相互杂交时不育的问题。他在《概要》中证明，不育的情况不仅体现在物种的特征方面，也体现在种族杂交方面。相反，在物种杂交时却往往有生育力，但是还存在各种程度的不育情况，也就是说，这里存在着各种过渡阶段。对于人类器官的发展和动物的适应性，他都感到迷惑不解，是什么使这些事物由简入繁呢？达尔文对本能化发展这一问题倾注了很多的精力。他所要告诉人们的不是本能是如何起源的，而是要向人们揭示本能从简单到复杂逐渐发展的过程。他认为，复杂的本能由两个因素形成：第一，是由习惯形成；第二，是天生变化形成。他接着对人工选择和自然选择的比较做了总结。
达尔文针对近几年来人们在培育品种方面所取得的成绩做出总结，并证明人可以无束缚地对品种进行改变。
物种在自然界的环境压迫下适者生存，只有那些适应性强的种类才能生存下来。
针对物种起源他引出例证，从地质学方面，他指出地质时期的生物淘汰与生物的起源异常相似，因此地球上一切生物的起源与发展都是必需的。
同时他还指出一些物种没有发展过程而突然出现，这只是因为地质年鉴的不完全。
达尔文这时开始写地质论文，其中包括大陆的升降问题。他把自己的考察和有关这些考察过程的想法，同地质年鉴不完全的思想做了比较。而且他在自己的《概要》中说明，这种不完全是因为在海底升高的情况下，大陆空间的增加会加剧物种形成的过程，但是大量的侵蚀不能使遗迹保留；而陆地的下沉虽然对保持沉积层有好处，但同时又会使陆地面积缩小和消失，使这些陆地上的生物灭绝。他在《概要》中得出这样的结论：地质学就是告诉人们在历史的某个阶段某个地方的某一类生物发展的一个侧面。物种的产生和灭绝同人的死亡一样都是自然界发展的必然规律。
达尔文接着谈了有关进化的地理证据。他指出生活在不同地理区域的哺乳动物群之间是有差别的，产生这一差别的原因是障碍物的产生。为了说明这一点，他提出了自然选择和障碍物的作用的说法。
达尔文在专门谈分类的这一章中指出，所有的分类学家总是尽可能使其自然化。他们并未确定这个自然体系是什么，但很快就感到，他们是如何向人们解释“种属关系”或“相近性”这些术语的。适应的特征更容易发生变异，而且不能利用这些特征来形成种属。达尔文认为，物种之间的“种属关系”证明了他们都起源于同一个祖先。同时，他举了一个前肢构造的总平面图的例子和某些胚胎的事实。最后他指出变异一般出现在物种的胚胎期发展阶段。
最后他还解释由于长时间不使用，物种从祖先那里遗传的器官会发育不完全或退化。
1842年，达尔文已初步从理论上建立了自然选择的进化理论。在这个进化论中，达尔文引证了大量的事实和材料。
之所以这样做是因为当时他的这种思想若没有足够的能使人信服的材料来证明的话，这一复杂的理论是很难被世人承认的。