8月中旬，达尔文雇了一名向导和几匹强壮的马匹，登上了海拔约1820米高的钟山。钟山南坡上长着一片竹林和一些与众不同的棕榈树，树身很粗，最粗的地方是树高的一半。居民们经常取出这些棕榈的树汁作为糖浆食用。
晚上，在河旁的最高处宿营，天气非常晴朗，空气洁净，在13千米之内，可以看见停泊在瓦尔帕莱索湾的船只上的一根根桅杆，恰似一条条细线。翌日清晨，他们到达山顶，在那里呆了整整一天，往山巅之西眺望，便可看到智利，智利就像呈现在地图上那样清楚，往山巅之东眺望，便可看到安第斯山脉，该山脉有一条相当平直的山脊，在雪线的左边向前延伸，只是有时被一个孤立的圆锥形的火山中断。
两天后，达尔文下山，穿过靠近基尔奥塔和圣费利佩这两个小城市的美丽如画的河谷，继续往前走。第二天晚上，他到达位于主要山脉侧面的哈胡耶尔铜矿场，在那里呆了5天。
十几天后，他又上路到智利首都圣地亚哥，一路之上尽情观赏大雪所覆盖的阿加瓜火山和科迪勒拉山脉。翌日，他又登上了一个比圣地亚哥所在的大平原稍高的矮山岭。达尔文认为，这个平原是从前的内海的海底。
达尔文在圣地亚哥住了约一个星期，决定绕道继续往南走，到了波浪汹涌的马伊普河河边。河上架着一座吊桥，甚至连一个人牵着一匹马的重量，都使它摇晃不已，要从这种桥上走过去是相当冒险的。但另一条小河卡察普阿尔河，却连这种吊桥也没有，所以不得不骑着马过河，这也是件很不愉快的事情。这条河的河谷里有几处考凯纳斯温泉，因为能治病而四方驰名。
达尔文得知这些泉水夏季要比冬季更多更热。但是夏季几乎是滴雨不下，所以这就使达尔文推测到，地下水源与在夏季里由于山上积雪的融化而形成的急流有关，虽然这些山离温泉有15——20千米远。这些雪水首先渗入高温区，然后再流到考凯纳斯地区的地面上。
达尔文又渡过克拉罗河，来到距圣地亚哥以南20千米左右的圣费尔南多。后又往西拐向大海，浏览了以浮岛着称的塔关湖。这些浮岛是由各种不同的植物茎干彼此交织在一起而形成的，而在浮岛上又茂密地长出其他植物。他着手勘察金矿，为此又花费了4天时间。金矿工人都显出疲惫不堪的样子：他们必须把约5普特重的矿石从130米深的地下背到地面上来。他们把搬运来的这种矿石运到磨房，把它磨成细粉，然后再把矿泥排进矿池里，矿泥在矿池里沉淀。随着矿泥硬化，各种盐就在表面上晶化。一两天后，再淘洗它们，就淘出黄金来。这一过程得重复好几次。矿工们干着这样繁重的工作，却只吃一些煮熟的豆子和面包。照达尔文所观察到的情况来看，矿工们得到的工资就已经够微薄的了，但是必须服劳役的农奴在这里的生活却比矿工们还要苦。达尔文在归途中病得很厉害，回到瓦尔帕莱索就完全病倒了。继达尔文患病之后，“贝格尔”号上发生了一次严重的经济危机。费茨·罗伊舰长为了加快海岸的测量工作，而于1833年租了两只纵帆船。他支付了1650英镑租金，稍后过了一段时间，他为同样的目的又花费了1300英镑左右，买下一只洛乌船。他指望海军部同意核准这些开支，补偿他这笔钱。谁知海军部不仅不补给他这笔钱，反而来信说“不赞成”租船，命令“要尽快解雇所租的船只”。
费茨·罗伊除了碰上这些不愉快的事情外，又加上疲劳过度，他的情绪非常颓丧，他已不能决定任何事情了。医生认为他应当停止任何工作。因此，韦尔姆只有完成对南美洲东南部的测量工作，然后才能带领“贝格尔”号返回英国。但全体船员都愿意经太平洋返回。这只有在费茨·罗伊指挥下，根据以前给他的指示才能办到。而受海军部欺侮的费茨·罗伊大为恼怒，他不能好好地并且按他过去希望的那样去完成对南美洲东西部两岸的测量工作，所以他坚决要求辞职。如果船长辞职，韦尔姆就会得到晋升，可是韦尔姆不管这一点，他还是劝说费茨·罗伊撤回自己的辞职书。他劝舰长说，海军部的指示本身就是命令，他有多少剩余时间就做多少测量美洲西岸的工作；然后再横渡太平洋。韦尔姆警告舰长说，即使费茨·罗伊担任了指挥，也不会有任何力量能使他重返火地岛。韦尔姆问舰长，他的辞职会有什么好处呢？如果在一定时间许可的范围内他能完成测量工作，然后再往太平洋去的话，不是更好一些吗？最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。
危机结束了，“贝格尔”号决定在完成能发现新地方的诱人的环球航行之后再回英国。同时达尔文决定要更加努力地在南美洲西岸进行工作，乘“贝格尔”号到一些岛屿上去考察，广泛利用在大陆上所用的老办法，即雇用向导、马匹和骡子，走完所拟定的行程。他始终没放弃越过科迪勒拉山脉的念头。
“贝格尔”号全体船员又开始进行测量奇洛埃岛的工作。有几个人在谢利万的指挥下，于11月24日乘着舢板和高速艇前去考察该岛的东部。达尔文雇了几匹马，到岛北端的查卡奥，他要在那里与其他人会合。另一部分船员则留在“贝格尔”号上，他们应该去考察岛的西部，以便与第一队人马在南部会合。这时“埃德文切尔”纵帆船已经卖掉。达尔文骑马走的路都是用圆木横铺而成的。因为太阳光线穿不进常绿森林，所以地面松软、泥泞。查卡奥本是岛上的主要港口，因为在海峡里的急流和危险的岩礁中间船只经常失事，所以人们就把港口移到圣卡洛斯。达尔文在查卡奥遇到了第一队人马。在以后的日子里，这队人马就逐渐地往南推进。被河谷切割开来，分离成很多小岛的平坦的地方，完全被一片不能通行的深绿色的森林覆盖起来。有些地方可以经常看见茅屋。在这片大陆上，出现了三座正在喷出一团团浓烟的巨大的活火山。每座火山的高度都有2000米左右。安第斯山脉本身在这里要比在瓦尔帕莱索附近的山脉矮得多。沿途所见的居民，就外貌来看，都是有着红铜面孔的典型的纯种印第安人。他们住得很分散，对沿海地带上的树木很少清除或者清除得很差。
11月底，这队人马来到了卡斯特罗，它曾是奇洛埃岛的古都，但是当时已经变成了一个特别荒凉的地方，居民总共只剩下几百人。
达尔文特别注意到植物当中的庞克，庞克这一植物的主干有一米多高，长着四五个齿状的圆叶子，直径超过两米，周长在6米以上。
12月初，这队人马到达于南岛圣佩得罗，“贝格尔”号已停泊在那里。当这队人马中的两名军官，在这里用经纬仪进行测量工作时，据说是这个岛上特有的一只狐狸正在聚精会神地注视着军官们的工作，因此达尔文偷偷地走到它的背后，用地质锤朝它头上重击一下，把它打死了。