19世纪下半叶，世界高等教育的发展步伐迈得更快更稳，美国一面以当时欧洲优秀学术精神为样板，致力于高深的科学研究；一面落实其国会关于教育发展的《摩雷尔法》1862年美国颁布了著名的《摩雷尔法》。该法规定，按各州国会参议员和众议院的名额，拨给每人3万英亩的土地，由州以土地所得兴办“赠地学院”，培养工农业专门人才。《摩雷尔法》是美国第一部职业教育立法，它开创了在高等教育中开展职业教育的先例，这部法令对美国高等职业教育的发展起了积极推动作用。，对不拘一格地加快美国式新型人才培养和学术发展，以满足美国政治经济及科学发展的需求，起到催生作用。
美国教育主张“我不同意你，但是我支持你”，标明一种在教育面前人人平等的权利。一个人能经常得到别人鼓励用自己的方法去解决问题时，该是一种什么样的精神激励。
宋耀如在上帝最眷顾美国教育的时候来到美国，对上帝的敬仰使宋耀如的自我教育与其他人比较，更具有革命性。
宋耀如从这里所学到的远远不只是人人平等，还学会了包容和器识远大的胸怀。
首先，美国的教育环境相对宽松自由，有利于宋耀如个性发展。
其次，美国教育从源头塑造了他人生信念的自尊、自主。
摆脱了封建宗族势力般保守闭塞的华人社会，他像天马行空，在个人的精神世界里任意驰骋，而美国教育方式就是在需要鼓励的时候给予鼓励。
在美国学校，海阔天空的想象得到的永远是赞美而不是呵斥。美国的教育让每一个人都相信自己是最优秀的，宋耀如一生自信，不向命运屈服，与其早期从源头受到这种美国个性化教育是分不开的。美国教育宽松自由的精神不影响对学业的严厉，有时甚至是苛刻，体现了一种学术上真正“严师出高徒”的严谨。
1884年4月24日给安妮小姐的信中是这样描述他的美国大学学习的：
……尽管你说过不管是否收到回信，我都应该写信，没错。但是，我每周有24个小时要背诵课文，那些课文特别难且冗长。每学期除了正常学习，还有2000页的平行阅读要做，像课本一样也要考试的。……上海市孙中山宋庆龄文物管理委员会编：《孙中山宋庆龄文献与研究》第二辑，第268页。原文如下：But， you say I ought to write whether received the reply or not. Well yes， but I have 24 hours of recitations every week， and the lessons are exceedingly hard， and long. In addition to the regular studies， 2000 pages of parallel reading to do， during the session； and will have to stand an examination on them as well as text books。
宋耀如在美国的学习经历，体现了现代比较教育学之最高境界，他以牛仔拓荒之精神，以斯巴达式刻苦之磨砺方式，以东方人坚忍不拔之意志力，最大程度攫取西方知识精华，其受益玄机，莫过于得到了美国社会全面有序、原汁原味的本土训导。宋耀如最终把这种教育理想的自信，大写在宋氏家族的旗帜上。
但与美国大多数神职学员不同，宋耀如相对灵魂拯救，更加关心同胞的民生。
他认为信仰不应该是空洞和不实际的，他要学习更多的本领，以便在回到祖国后，能为灾难深重的同胞做一些更实际的事情。
这些由于认知不同产生的矛盾在1886年他回国之前急剧地表面化了。
想做一个教会医生
就在宋耀如毕业前夕，他通过各种渠道得知中国包括家乡海南文昌发生了大瘟疫，祖国同胞和亲人处于水深火热之中。
作为一个受训将满、很快将被派回国传教的传教士，他知道当今的国情绝不是精神上的解救就能够解决得了的。事实上，当时很多传教士同时也是良医，他们不仅从精神上解救受苦受难的人，也给他们医治肉体创伤。
贫穷落后的祖国广大民众，除了需要信仰，也需要科学技术，而西方发达的医学科技对于缺医少药的现实中国，显得尤其重要。
宋耀如在1883年1月3日给林乐知先生的信中提到范德比尔特大学有两个年轻人要去中国传教：“德克萨斯州的J.斯蒂芬斯和南卡罗来纳州的K.A.杜克斯，他们一个是医学博士，还有一个是神学博士。”宋耀如想到要进一步学医，作为一名教会医生回国可能更好。他的想法得到卡尔先生的支持，卡尔的善良和直觉让他感到宋耀如的要求是合理的，他相信这个中国人，并终生保持这种信任。
于是，在卡尔先生的关照下，宋耀如以优异成绩顺利通过了医学院的入学考试。
迂腐加偏见的上司们
但是，宋耀如进一步深造学医无疑违背了南方监理会“领袖”们帮助他接受教育的初衷。19世纪初，美国各地的基督教会派出大批传教士，前往中国各地传教，美国南方监理会在上海就派遣有布道团。
当时，各国教会在中国争夺势力范围，因基督教与中国的儒教、佛教等其他宗教之间斗争十分激烈等原因，传教倍加艰难。他们急需更多像宋耀如这样已经准美国化了的中国人传教士返回其祖国，以增强南方监理会在那里传教布道的力量，扩大美国教会在华势力。事实上，范德比尔特大学及教会头头脑脑们对宋耀如的兴趣所在，只是要他作为一个宗教传播者去向他的同胞传道。
校长马克谛耶主教——他同时负责南方监理会在中国的教会工作——坚持要把宋耀如尽快送回上海传教。作为教会负责人的马克谛耶不需要宋耀如做医生，他对“悬壶济世”没有兴趣，也不愿意宋耀如过多地得到其他教育或过分美国化。
马克谛耶的考虑是，一个初级美国化的中国人传教士，更容易被他那些顽固不化的同胞接受。实际上这也是当时在中国传教的资深传教士林乐知的想法。宋耀如回国后其传教生涯注定艰难曲折，在此已经现出端倪。
马克谛耶对上海教会作了透彻指示：“在他（宋耀如）到中国人中去努力工作之前，不要把他身上那种‘中国佬’的味道都磨干净。”他甚至对这个人能否胜任传教士工作抱有深深的怀疑。他写道：“先不要让他去当牧师，而是让他当一个名副其实的定期巡回传教士，让他先像一个‘苦行僧’那样‘没有轿子就走着去’。”
他又进一步坚持只付给宋耀如不高于一个在当地雇佣的中国人的工资，这甚至比不上一个只念过中国书的现职传教士，虽然宋耀如拥有一个美国大学的学位而且是从美国派去的。
马克谛耶带着一种迂腐加偏见的情绪写道，这样做是为了保证不把宋惯坏，成为一个“失去了民族性的中国佬，除非得到非分的报酬就不满意、不舒服……”马克谛耶主教还这样说道：“我们认为最好是，不应该在他还没有在中国人当中努力工作之前，就把他身上那个中国佬的特征丢光。他早已‘尝过了安乐椅的滋味’——而且并不反对享受高级文明的舒适。这不是他的过错。让我们为之付出了辛勤劳动的我们这位年轻人也开始辛苦吧。让他上阵；没有候补的位置。”选自寿韶峰：《宋美龄全记录》，华文出版社，2009年。换句话说，宋耀如在他看来，不但应该被置于“中国佬”的下等人地位，并且不许有任何“傲慢”的表现。
于是，1885年10月，北卡罗来纳州监理会在马克谛耶主教的主持下，举行特别仪式，任命范德比尔特大学神学院毕业生查理·琼斯·宋为监理会见习牧师，并立即派赴中国上海地区传教，在林乐知牧师手下工作。
当此之际，宋耀如已然别无选择。
仍旧一颗火热中国心
此时的查理·宋已经是一个英俊潇洒、风度翩翩、一身美式装扮的标准美国小伙，性情温和不失坚毅，脸上永远挂着充满活力的美国式笑容。
学习初期，宋耀如也曾给牛尚周和温秉忠写信，交流情况，互相激励，探讨国家与个人的前途命运等，但大多没有回音。随着年龄和知识的与日俱增，宋耀如也更加关注大洋彼岸国内的形势。而民穷国弱的祖国，传来的大多是些令人沮丧的信息。
19世纪末的清王朝江河日下，大厦将倾。于外，被帝国主义蚕食瓜分，被迫与列强签订了一个又一个丧权辱国的条约；于内，污淖横行，贫困交加，国将不国。
宋耀如了解得越多越痛心，也越激起发奋学习的精神，以求有朝一日能为改变国家命运效力。宋耀如也给日夜思念的父母写信，告诉他们自己在美国的情况。上海市孙中山宋庆龄文物管理委员会编：《孙中山宋庆龄文献与研究》第二辑，第268页。1881年6月5日给父亲写的英文信是第一封也是最后一封。信的开头是这样：我写这封信是想告诉您我在哪里。我于1878年与哥哥分别，离开东（转下页）（接上页）印度群岛
来到美国，并幸运地找到了我们的救世主基督。因为基督的缘故，上帝就在我的面前。现在达勒姆主日学校和圣三一（学院）在帮助我，我急于接受教育，以便能回到中国，把达勒姆朋友们的友善和上帝的仁慈告诉您。（I will write this letter and let you know where I am. I left brother in East India in 1878 and came to the United States and finally I had found Christ our Saviour. God for Christ sake has meet in the way. Now the Durham Sunday School and Trinity are helping me and I am a great hurry to be educated so I can go back to China and tell you about the kindness of the friends in Durham and the grace of God.）由于当时中美之间的通讯条件十分有限，他只能求助于正在上海传教的林乐知先生帮他将信转给在海南岛文昌的父亲。不过这样做的结果没有实际意义，林乐知先生无意也无法把信递送到距上海千里之遥、交通通讯十分不便的海南岛上。后来宋耀如得知这一情况，虽然很失望，但也十分无奈。宋耀如虽然在美国生活、留学，但他胸中跳动着的始终是一颗火热的中国心。无论在什么时候，无论走到哪里，他都以自己是中国人自豪。宋耀如在美国生活学习，感受最为深切的是在美国的民主与自由以及现代物质文明冲击和震撼后，对故土的眷念。宋耀如后来每每回忆这段重要的日子，总是感慨不已。
宋耀如在美国的教育完成了，但远远没有结束，他带着使命回到祖国，而现实给予他的教训无疑更严酷于他的虔诚与理想。最让其刻骨铭心的，大概是一夜之间，他发现在自己的祖国，自己变成了一个“不中不西”的人。