历来，对土肥原贤二炸死张作霖事件少有文字记载。日本《大本营陆军部》档案文件中也仅有这样一段文字：“策划暗杀张作霖的不只河本一人，奉天特务机关长秦真次、奉天省军事顾问土肥原贤二均曾参与其事。”对此，河本大作事后做了如下记述：
经多方研究以后，得出满铁线和京奉线的交叉地点皇姑屯最为安全的结论，因为在这里满铁线走其上面，京奉线通过它的下面，日本人在那里稍微走动也不怎么奇怪。
下来就是要用什么方法的问题。
袭击火车？还是用炸药炸毁火车？只有这两种方法。如果用第一个方法，马上知道是日军干的。如果使用第二个方法，或能不留痕迹地达成目的。
因而我们选择了第二个方法。但为预防爆炸失败，我们准备了第二道计划，即令火车出轨翻车的计划。这时，将乘其混乱，使刺刀队冲上去杀。我们的一切准备都完成了。
……
对此，张学良虽不知其详，但土肥原贤二是杀父凶手却是肯定无疑的。
正当日本驻奉天总领事林久治郎策动以杨（宇霆）代张（学良）的时候，土肥原贤二却断然反对：“此举欠妥！”
林久治郎是一位含而不露、又非常自信的外交家。他一方面深知土肥原贤二的活动能量，以及在其谋略方面的才能，认定他的反对是有道理的；另一方面又决不赞成炸死张作霖的举动。从外交上看，此举等于把亲日的奉系军事集团推到日本的对立面。时下张学良坚决易帜，就是此举的直接反应和结果。他作为日本内阁派驻奉天的代理人，自然不喜欢为关东军出谋划策的土肥原贤二。所以，他彬彬有礼，却又有些冷漠地说：
“土肥原君是出了名的中国通，而且还是帝国派到奉天省的军事顾问，对遏制张学良易帜，一定会有高见的。借用一句中国的客套话说：我愿洗耳恭听。”
土肥原贤二自然清楚林久治郎这番话的真实用意，但他狂妄至极，从不把这位林总领事放在眼里，故直言以杨代张是下策。接着，又滔滔不绝地指出：在中国的传统观念中，子继父业，天经地义。如果仓促由外面——尤其是由日本出面搞以杨代张的政变，必然会遭到几十万奉军官兵的坚决反对，也不会得到东三省百姓的拥护。从某种意义上说，炸死张作霖之后再搞个以杨代张的政变，等于在东北三省燃起的反日大火上浇油，越来越不好收拾。他呷了口香茗，又以教训的口吻说：
“简而言之一句话，在中国办事就得从中国的国情、民情出发，不然就一定会应中国的这句古训：人无远虑，必有近忧。”
林久治郎听后受到了莫大的屈辱，尤其当他想到炸死张作霖事件，真想当面质问：“难道这就是你们从中国国情、民情出发，干的最符合日本帝国利益的事吗？”但他毕竟忍下了这口气。当他看见品茗不语的土肥原贤二，知道他不直接说出自己的想法，是在有意地提高身价。他淡然地笑了笑，问道：
“土肥原君，快把你的高见拿出来吧？”
“简单！”土肥原贤二放下手中的茶杯，“用我们的力量，把张学良捧上满蒙皇帝的宝座。”
林久治郎听后禁不住地笑出声来。瞬间，他想起了自己这几个月来的全部用心，无外乎是通过支持张学良当新的东北王，保住日本在所谓满洲的利益。结果一次又一次地失败了。因此，他喟然摇首，下意识地说道：
“不行！我看不行……”
“为什么不行？”
“因为这个少帅不是阿斗，不会顺着我们竖的竹竿往上爬！”
“那就看你竖的是什么竹竿了。”
“你就是给他摆好登基的龙椅……”
“他一定会坐！因为有权的中国人，没有一个不想当皇帝的。”土肥原贤二说罢似乎感到底气不足，又补充道，“他张少帅真的不想当皇帝，我们再启用以杨代张的办法嘛！”
林久治郎觉得再争辩下去已经没有意义，十分客气地下了逐客令：
“但愿土肥原君再获得一次成功。”
土肥原贤二视张学良为阿斗，自然也就把自己摆到孔明的位置上。他回到自己的下榻处，学着当年诸葛亮写《出师表》的笔法，给张学良写了一封所谓安邦定国的书信，差人直接送进大帅府。照他的想法：张学良会很快传见他这位异国顾问，听取他对东北局势的意见。一天两天过去了，依然没有传见的动静。待到一个星期过后，他再也等不下去了，遂愤然找上门来。然而，他获悉张学良请他进帅府的消息后，又把积郁多时的愤怒理智地压到心底；当他看见张学良那日渐消瘦的样子，一改兴师问罪的来意，并且有意不提自己那封信的事，操着格外关切的口吻说：
“汉卿身体可好？一定要节哀，满蒙大业集你一人之身，千万保重啊！”
张学良听后顿时想起了一句俗语：黄鼠狼给鸡拜年——没安好心。但他依然显得平静而有礼貌地说：
“谢谢！顾问阁下请坐。”
土肥原贤二当仁不让地落座，遂以顾命大臣的身份指出：自己来华多年，一直对将军给予关注。接着又直言不讳地说：
“我认为汉卿在军事、政治、才智、学识诸方面，都在乃父之上。这恰好应了中国这句名言：青出于蓝而胜于蓝。”
张学良如坠五里雾中，唯恐落入土肥原贤二设的圈套，故只摇首而不语。
土肥原贤二误以为自己得计，遂按照预先想好的话语一泻而出：
“满蒙四省，既是元代成吉思汗的发祥地，也是清朝努尔哈赤、皇太极入主中原，登上龙廷的家乡。我想汉卿此时此刻的宏图大志，只应在这些古人之上吧！”
“学良不才，岂敢和这些古代贤哲相比。”张学良为了引蛇出洞，有意自卑地说。
“汉卿学识远在这些贤哲之上！”土肥原贤二解释道，“而这个结论又非出自我之口。”
“请问土肥原顾问……”
“这是帝国政府对汉卿的评价！”土肥原贤二说罢，看了看无动于衷的张学良，“如果汉卿愿意施展才华，实现帝王之志，我帝国政府愿做将军的后盾，全力支持你当满蒙帝国的开国皇帝！”
张学良闻声蓦地起身，望着窗外的远天陷入深沉的凝思。
“汉卿，”土肥原贤二以为张学良动心了，“这只是第一步，帝国希望你能像大清皇帝那样，以满蒙为基地，率部入关，问鼎中原。”
“那么，我需要付出什么代价呢？”
“日满共荣。”
“谢谢帝国的好意，”张学良突然冷漠地笑了，“可惜，我张学良不能领。”
“为什么？”
“因为我是中国人，我是炎黄子孙。我的志向是国兴我荣，国亡我辱。请土肥原先生记住：我以我是个疯狂的爱国者自豪，决不当仰人鼻息的儿皇帝！”
这掷地有声的回答使土肥原贤二惊呆了，当他再看见张学良那双含着泪水——却喷吐着怒火利剑的眼睛，全身禁不住地打了个冷战。他毕竟是老牌的谋略家了，很快稳住了自己的情绪，凶相毕露地威胁：
“好一个大义凛然的中国人！我不得不直言相告：你如果执意易帜，倒向南京的******，后果自负！”
“请你出去！”张学良就像是一头暴怒的狮子，颤抖的右手指着客厅大门。
“请不要忘了，我还是你们的顾问。”
“从现在起，我正式通知你：你的顾问职务被解除了！”
“哈哈……你还没有这样的权力！”
张学良惊得险些晕倒在地，土肥原贤二何时离去的，他都不知晓。他凭着一身正气拿起了电话，很快要通了日本负责顾问的千田森，请他立即把土肥原贤二调走，结果又未能如愿。时过六十二年以后，张学良提起这件往事，还气愤难平地说了如下这段话：
同土肥原最冲突的地方是他当时给我写了一份东西，就是王道论，就是要我当皇帝，我当时就问他，你是干什么，你要干什么？你让我当满洲皇帝，你是什么意思。我让千田森告诉参谋本部把土肥原调走，把土肥原这个顾问调走。千田森当时就说，你这个顾问是日本派的。当年订条约时规定你有两个顾问，你没有权让他调走。完全是政府派的。……
张学良那满腔屈辱无处发泄，只有传下话去：“土肥原顾问来我一概不见！”但是，当土肥原贤二要他做满蒙皇帝的话语再次回响耳际之时，他似乎又省悟到了什么；当他无意之间看见供奉的张作霖遗像时，他条件反射似的又想起了和父亲的一场争论……