孙鹤龄在交代中说：首先子女不是蓝田企业职工，按照规定是不允许购买职工股的，作为一名公务人员又负责上市工作，更不该同意自己的亲属去购买，这本身是违反规定的。其次是蓝田之所以积极将股票卖给我女儿，主要是看在我司长的职位及权力上，因为我管理此项工作，蓝田是为了感谢我才卖给我女儿股票，问题的实质就是我利用职务之便为女儿谋取私利。现在我认识到同意女儿买原始股的行为就是想谋取不正当利益，虽然我没有买也没花过她们的钱，但获利是我的女儿，作为责任人既然错了，触犯了法律，只有检讨过去面对现实承担法律责任。在取保候审的这段日子里，我在家除了治并买菜做家务外，就是反思自己的过去，也受到家人的责备，内心十分痛苦。不怨天不怨地，只怨自己工作的后期放松了学习，忽视了世界观的改造，加之受社会不正之风影响，铸成大错真是后悔莫及。
在后来的法院判决中，因为帮助亲属子女购买股票，孙鹤龄构成受贿罪，因此获刑7年。
渎职者说，帮企业贷款变成滥用职权
2005年9月，中纪委驻农业部纪检组监察局、农业部直属机关党委、农业部直属机关纪委发布的《关于孙鹤龄等人违纪违法事实及处理情况的通报材料》中，通报的孙鹤龄两起违纪违法事实的第二条是“私自动用中华农业科教基金会资金为天鸿公司提供贷款担保，造成230万元的重大经济损失”。这一条，在法院下达的判决书中被认定为滥用职权罪，因此获刑2年。
孙鹤龄与无锡天鸿公司的缘分还要上溯到1988年，孙鹤龄刚从西藏调任中国农垦总公司副总经理之后，在无锡开会期间认识了负责接待的陆某，这次交往仅仅是“互递名片的一面之缘”。8年之后的1996年，已经升任农业部财务司司长的孙鹤龄再次来到无锡开会，再次遇到已经成为天鸿公司副总经理的陆某，陆某邀请孙鹤龄一行到天鸿公司参观，受到了无锡市天鸿公司法人代表、总经理蒋某的热情接待。天鸿公司是当地的一家集体企业，地处江苏省无锡市郊区，公司主业半导体元器件。这家企业曾被农业部评为全国百家优秀乡镇企业，给孙鹤龄留下了“有实力”的印象。这次参观，孙鹤龄只吃了一顿饭就回了北京，与企业之间并没有更多交往。
1996年12月，无锡市天鸿公司总经理蒋某找到孙鹤龄称企业有困难，想从财务司借款。孙鹤龄表示财政资金不能出借，但是可以帮助天鸿公司联系贷款。随后，孙鹤龄指示财务司会计处为天鸿公司联系银行贷款。经过联系，中信实业银行同意贷款，但提出要有担保。
1995年11月到2002年8月期间，农业部设立的中华农业科教基金会的本金由财务司代管，所以孙鹤龄决定由中华农业科教基金会出面担保。在没有取得中华农业科教基金会法人代表林某的同意，也没有与财务司其他领导商量的情况下，孙鹤龄让会计处起草了委托书，经他签字后加盖了基金会法人代表林某的名章，由孙鹤龄代表基金会与中信实业银行签订贷款担保合同，并将基金会一张500万元半年期定期存单作为质押。1995年12月5日，天鸿公司获贷400万元，期限半年。
孙鹤龄过多相信天鸿公司的诚信态度和还贷实力，相信他们能够按时归还，但直到1997年6月5日贷款到期，天鸿公司仍没有履约还贷。之后，财务司曾两次会同银行方面赴无锡催要贷款，但天鸿公司都未能还款。在孙鹤龄退休之前，除了派人催要之外，电话催要、写信催要这些方法他都试过了，但一直没有什么结果。直到1999年10月办完退休手续后，孙鹤龄还到中信实业银行商谈过共同催款的事情，但是，退休后孙鹤龄已经无权再管此事，也就只好听之任之了。
2002年9月9日，天鸿公司进入司法破产程序。之后，科教基金会和农业部财务司先后多次与中信实业银行协商还贷事宜，双方最后同意各自承担一部分经济损失的办法解决。2003年4月18日，科教基金会与中信实业银行签订了《谅解备忘录》，按照担保合同确定的500万元质押金额，由科教基金会承担经济损失230万元，其余的损失由银行方面承担。
在整个担保贷款过程中，孙鹤龄并没有从中谋利，他的动机只是想帮助优秀乡镇企业的发展，最后却把自己给陷了进去，也把自己送上了法庭。
刻骨铭心，终于知道法律铁面无情
“蓝田神话”变成中国证券史上一个不可抹去的黑点，也把68岁的孙鹤龄送上了北京市第二中级人民法院的被告席。
根据北京市检察院第二分院指控，孙鹤龄涉嫌受贿、滥用职权两项罪名：一是利用职务之便助蓝田股份上市后，通过获赠的内部职工股非法收益488万余元；二是私自动用中华农业科教基金的资金对外担保，造成230万元重大经济损失。检方认为，孙鹤龄身为国家工作人员，利用职务便利，为他人谋取利益，收受他人财物，数额特别巨大；并滥用职权，致使公共财产遭受重大损失。应以受贿罪、滥用职权罪追究其刑事责任。
因为孙鹤龄在开庭前已被取保候审，由于他庭前表示认罪，法庭征得控辩双方同意后，适用有关规定进行了简化审理。
开庭时，孙鹤龄在家属和律师的陪同下来到法庭。孙鹤龄中等身材，穿一件黑色上衣，已退休9年的他头发斑白。在法庭上，由于事先孙鹤龄与为他辩护的律师钱列阳交换过意见，钱列阳建议孙鹤龄承认有罪并为他进行轻罪辩护，所以孙鹤龄一上来就说：“我承认这两个罪名”。孙鹤龄低声说，“我一直小心谨慎，女儿的事是我参加工作以来最大的失误，也是我晚年刻骨铭心的教训，我没有把握好自己，在女儿购股问题上没有过好亲情关。”
尽管孙鹤龄当庭认罪，代理律师钱列阳仍针对两项指控进行了辩护：首先，通过炒作蓝田股份获利的488.69万元，是在司法机关介入本案之前孙鹤龄就如实交代了案件事实，并愿意接受司法机关的处罚，视为自首，依法可以从轻或减轻处罚。其次，被告人有积极退赔情节，先后退赔了430余万元，能够尽最大限度挽回经济损失，主观恶性不大，请法院酌情从轻处罚。而经其女儿、妻妹之手差价购买的10万股内部职工股份，被告当时对此并不知情。再次在滥用职权方面，孙鹤龄有自首情节，没有从中谋利，孙鹤龄的行为虽然超越其职权，但只承担无效合同之责，中华农业科教基金会遭受230万元的巨额损失之事，是继任者主动妥协造成的，而且230万元损失依法是有可能避免的。
最后，钱列阳律师在法庭上建议，鉴于孙鹤龄在西藏工作过25年，目前年事已高身体状况不好，且有自首、主动退还全部赃款及当庭认罪等情节，建议一审法院判处缓刑并监外执行。在法庭上，孙鹤龄也提出了同样的请求。
由于孙鹤龄承认检方的指控，所以这是一场并不激烈的庭审。2007年12月20日，北京市第二中级人民法院以孙鹤龄犯受贿罪判处有期徒刑7年、以犯滥用职权罪判处有期徒刑2年，决定执行有期徒刑8年。一审判决后，孙鹤龄没有提出上诉。至此，这场长达8年的案件终于尘埃落定。
查处孙鹤龄腐败案，可谓是个马拉松过程，期间从“双规”到党内处分，后又提交司法机关进行处理，经过传讯、羁押、提审、取保候审，最后才将孙鹤龄送上法庭，一波三折绵延8年之久。而孙鹤龄的认识过程在这8年中也从坚决否认自己的错误到“承认有罪”，而且是在“检察官的启发和帮助下”，才进一步“提高了对问题严重性的认识”。这里面可以回味的问题有很多，但是，让我们看得最清楚的却是孙鹤龄从拒不认错到承认有罪的过程。
其实，孙鹤龄腐败案并不复杂，一是受贿，二是滥用职权。其实，早在1999年底，已经有人举报反映孙鹤龄的问题，2000年中纪委有关部门对涉及孙鹤龄案的资金问题实施核查，并出具了核查报告。这就是说，孙鹤龄腐败问题的真相当时已经基本清楚。然而让人不可思议的是，孙鹤龄2003年4月被“双规”后不久又被解除了。一年之后的2005年8月26日，农业部党组《通报》称“给予孙鹤龄开除党籍处分”。而从移交司法机关到法院判决，又是2年零5个月；若从案发起算，则是漫长的7年！在这7年里，不但孙鹤龄的心力上备受煎熬，而且在认识上也逐步看到了自己的犯罪。此案之所以如此反复和难产，大致应该有两个因素：一是“反腐败”艰巨复杂，要扳倒贪官不会那么轻而易举，要把他们送进牢狱，更是难上加难；还有另外一个原因恐怕更重要，就是对于孙鹤龄贪污的认识问题。
其实，孙鹤龄一案给我们剖析高官犯罪提供了三条思路。尤为重要的是第一条“新思路”：很多腐败官员是懂法的，法制观念也是相当强的，错就错在他们不相信法律会这么铁面无情，会真的降临到自己头上。很多党员干部甚至是高级领导干部，他们的法律知识和法制观念实在是“淡北得很，像孙鹤龄这样经过7年才认识到自己受贿犯罪的，则是一个极端的标本。
孙鹤龄在党组织给予他第一次党内处分时，对开除党籍反应强烈。他甚至认为自己在西藏艰苦工作了25年，献了青春丢了亲情，双规期间积极交代问题，按照组织要求办事，却仍落了个开除党籍的处分，他“实在想不通”，所以他恳请组织复议，“客观公正”地给他个说法。
当今腐败官员的特点是高文化、高知识、高智商。从中国现在的教育体制来说，无论是哪一级都有法制教育课。更何况这些人在升迁过程中还要进入省市一级的甚至中央级的党校学习，其中法制教育课是“重头戏”，所以，说自己没学过刑法，不懂得什么叫贪污、什么叫滥用职权，那纯粹是有点自欺欺人。而且，即便是一个平民百姓都懂得，将几百万的钱变成自己的钱是犯法的，是要蹲大牢的，严重的甚至还要掉脑袋的。这几乎是“常识性的东西”，孙鹤龄这么高文化高级别的官员如果连这一点都不懂，谁能信？
正是因为孙鹤龄是个懂法的人，所以他才会在被双规之初就积极退赔，而在走上法庭之前能够接受律师的建议主动认罪，最后法院考虑到“孙鹤龄辩护人所提孙鹤龄所犯受贿罪具有自首情节并能够积极退赔，主观恶性不大”，所以才采纳了钱列阳律师对其“减轻处罚”的意见，对孙鹤龄的受贿罪“减轻处罚”，对滥用职权罪“从轻处罚”，孙鹤龄最后才得以轻判。
就孙鹤龄在法庭中为自己辩护的水平来看，根本不是学法不学法的问题，也不是什么懂不懂法的问题，而是相当地熟悉和了解法律，只是孙鹤龄表现得更“老到”、更“到位”，充分显示了其“高智商”的特点，所以，孙鹤龄最后几乎博得了所有人的同情。
孙鹤龄给我们提供的第二个官员腐败思路是一个老生常谈的问题，就是过好“子女关”。人们通常说人生要过若干个“关口”，其中一个就叫“子女关”。既然是“关”，要过去就不是件容易的事。不同的“过关”方式，充分体现出不同的子女观和人生观。
孙鹤龄自己毁了自己，毁了自己的家，也毁了女儿。在现实生活中，一些慈爱的父辈总是以过多的热情为了孩子现在和将来的“幸福”生活，越俎代庖甚至不惜一切、不择手段，铤而走险而酿成的悲剧，这在很多落马高官中屡见不鲜，甚至把子女一并带上审判台的也比比皆是。
孙鹤龄落马提供给我们的第三条思路也有一些新意：一些高官知道自制自律，却不知道怎么才是真正的自制自律。拿孙鹤龄来说，他的一生可以说是谨小慎微的，也从来没有主动索贿受贿。在后来涉案的犯罪过程中，他仍然认为自己从工作上帮助蓝田上市只要自己不受贿就没事，包括后来为亲属子女购买股票他仍然不认为是受贿，至于后来滥用职权违规做贷款担保，更没想到苦果要自己咽。可以说，孙鹤龄是个自律的人，但却没有自律到点子上。如果他能够掌握一点真正的法律知识，并且真正把法律当回事，他就会知道有些股票是不能买的，有些担保也是不能做的，有些忙更是不能帮的。
由于不会自制自律，因而就难过金钱关、子女关，当最后才知道法律果然铁面无情时就晚了。孙鹤龄败就败在难于自制的欲望之中。