后因《关于法国音乐的信》被取消了免费进入歌剧院的权利。
1754年 卢梭42岁
和果佛古尔、瓦瑟结伴前去日内瓦，发现了果佛古尔的恶行。受到日内瓦各界人士的热烈欢迎，恢复了其在日内瓦的公民权，重皈新教。
探望华伦夫人，并为华伦夫人的衰老和贫困而伤感。
开始起草《政治制度论》。后来选取其中一部分出版为《社会契约论》。《社会契约论》是卢梭阐发政治思想的经典之作，论述的是他自己的政治理想，在他看来一个合理的政治状态应当是人与人之间结成社会契约。在这个契约中，每个人都通过放弃自己天然的自由，来实现契约的自由。全体人民的意志集合成了一个公意，而主权者代表这个公意进行立法，之后人民选出执政官按照法律来管理社会。卢梭认为一切权力属于人民，人民有权利选举执政官，参与一切公共事务。政府的一切行为都要为了人民的利益而进行。
由于厌恶了频繁的社交生活，常常到树林里散步。
1755年，孟德斯鸠去世。葡萄牙里斯本大地震，导致三万人死亡。
1756年 卢梭44岁
和瓦瑟迁往退隐庐。退隐庐原是埃皮奈夫人的房产，卢梭在退隐庐期间得到埃皮奈夫人的资助。在退隐庐生活将近两年，尽管无法完全避免交际，但卢梭还是很享受这种孤独宁静的乡村生活的。
1756至1763年发生“七年战争”。交战双方是由欧洲主要国家组成的两大集团：一方为普鲁士、英国，另一方为法国、奥地利、萨克森、瑞典、俄国等国。双方为争夺殖民地和海域在欧洲、非洲和印度等地发生大规模的战争，最终以英国和普鲁士的胜利而告终。
1757年 卢梭45岁
与乌德托夫人恋爱，因此和狄德罗、格里姆、埃皮奈夫人闹翻。创作《新爱洛绮丝》，并沉浸在对故事情节的幻想之中。这部书信体小说表达了卢梭对爱情的理想，作品中的朱丽是卢梭理想的爱情对象，他通过家庭教师圣·普乐和贵族小姐朱丽的不幸爱情故事，热情歌颂了自然感情的伟大，批判了封建婚姻的荒谬和违反人性。
开始准备创作《爱弥儿》。
于年底搬出退隐庐，迁至蒙莫朗西居住。在《爱弥儿》一书出版之前，卢梭在蒙莫朗西一直受到卢森堡夫妇的庇护和资助。虽然《爱弥儿》是一部伟大的教育著作，但也是给卢梭带来沉重灾难的一部著作。卢梭没有亲自教育过自己的任何一个子女，却仅是通过想象写出一部教育名著，在书中以极大的热情来培养“爱弥儿”。卢梭主张，从教育儿童开始改变人与人之间的奴役和不平等现象，培养自然发展的健康的下一代。他提出自然教育，主张让人服从自然的法则，使人的身心得到自由发展，通过生活和实践，让儿童在具体的环境中体验生活，从而获得必要的知识。他认为自然教育的目的就在于使儿童获得自由、平等、博爱的思想，培养儿童的劳动技能。
1761年 卢梭49岁
《新爱洛绮丝》出版，此书受到女性读者的热捧。
卢森堡元帅去世。
1762年 卢梭50岁
由于出版《爱弥儿》，法国法院对卢梭发出了逮捕令，查禁了他的书。
其实在《爱弥儿》出版之前的一段时间内，卢梭已经渐渐感到气氛不对，但是他认为自己是正直无辜的，因此并不感到慌张。
《社会契约论》《爱弥儿》出版。
巴黎大主教毕蒙对《爱弥儿》发出禁令，不久之后，巴黎高等法院也发出禁令，并且下令逮捕卢梭。在之后长达8年的时间里，卢梭一直都在逃难。他不得不在各种谴责、迫害甚至是密探的监视下生活，这让他变得敏感多疑，以致后来不断地怀疑身边的人要谋害他。
卢梭从巴黎只身逃至日内瓦，然而日内瓦当局却焚烧《爱弥儿》和《社会契约论》，并下令追捕作者。
逃到伯尔尼，再次受到驱逐。
华伦夫人去世。
1763年 卢梭51岁
卢梭逃至普鲁士辖内的纳沙泰尔，和瓦瑟一起居住在莫蒂埃。结识了乔治·吉斯元帅。
接受了普鲁士国王的庇护，但还是拒绝接受国王的馈赠。获得纳沙泰尔公民权，放弃了日内瓦公民权。
出版《致毕蒙教皇书》，抗议教会当局对他的迫害。
1764年 卢梭52岁
出版《山中书简》，以责问日内瓦当局的不当行为。
德·布达福柯——科西嘉解放运动领袖，邀请卢梭为科西嘉起草宪法。1765年 卢梭53岁
《科西嘉宪法草案》出版。谢绝了普鲁士国王授予的年金。
迁居至伯尔尼的圣皮埃尔岛，瓦瑟搬来和他一起居住。在享受了几个月宁静的隐居生活后，卢梭再次遭到驱逐。
在巴黎，伏尔泰的《哲学辞典》和卢梭的《山中书简》一起被焚烧。卢梭独自潜回巴黎。
1766年 卢梭54岁
在大卫·休谟（1711—1776）的带领下，与瓦瑟前往英国休谟家避难，后来和大卫·休谟发生冲突，又前往英国武通。
编写《植物学术语词典》。
开始写作《忏悔录》第一卷。《忏悔录》创作的目的，比起忏悔来说，更像是辩护。在逃难的四年中，卢梭受到了很多诬蔑、迫害和攻击，他认为有必要展示自己的所作所为，澄清自己所受的不公正的待遇。《忏悔录》是卢梭在颠沛流离的生活中一点点写成的，他希望展示出自己真实的生活状况，毫不避讳自己的恶，更不避讳自己的善。他敢于披露自己的一切，让人们自由地去评判是非。
1767年 卢梭55岁
一位英国友人替他领取英王乔治三世赐给他的年金。
误解英国友人，化名勒努，潜回法国加莱。
《音乐辞典》出版。
1768年 卢梭56岁
与瓦瑟正式结婚。
去格勒诺布尔进行植物学考察，并和植物学家通信
仍旧以抄写乐谱为生。
1769年 卢梭57岁
迁到布戈市农场居住。
创作完成《英雄所需要的道德》。开始重新使用真名。
1770年 卢梭58岁
重返巴黎，开始誊写乐谱和作曲，准备写作《对话录》。参加了植物学家儒锡叶领导的采集标本旅行。
《忏悔录》第二卷完成。
1771年 卢梭59岁
在瑞典朗读《忏悔录》，后因埃皮奈夫人提出请求，朗诵会被禁止。
由于波兰威尔豪斯基伯爵的邀请，创作《对波兰政府及其1772年四月改革计划的考察》。
1774年 卢梭62岁
结识了生物学家拉马克。
1775年 卢梭63岁
在卢梭并未同意的情况下，他的歌剧《匹克马梁》在法兰西歌剧院上演，取得了成功。
1776年 卢梭64岁
完成了《对话录》的创作，本想将之放在圣母院的祭坛上，但并未成功。开始写《一个孤独的散步者的梦想》，但并未完成。
在散步时被马车撞伤。
1777年 卢梭65岁
卢梭健康恶化，被迫停止抄写乐谱。生计十分困难。
1778年 卢梭66岁
到巴黎附近的埃尔默农维尔庄园生活。
罗伯斯庇尔（1758—1794）慕名来访。
在爱隆美尔镇病逝，被葬于爱隆美尔镇，其灵柩于1794年被迁到巴黎国葬所。
法国大革命于卢梭死后11年爆发。