当然这十余万于家军，已经不需于孝天自己来养活了，现在他可以命户部和兵部直接给他麾下的兵马调拨粮饷，名义上这些于家军，都换上了一身明军的马甲罢了。
为了更快的掌控住整个大明的局势，于孝天在京畿一带留驻了三个精锐混成旅，除了京师留驻一个旅之外，其余的两个混成旅则以独立营的编制，分驻在怀柔、蓟州、天津卫、通州、保定等地，对京师形成拱卫之势。
至于剩下的七万多于家军，在于孝天控制了京师局势之后，便开始逐步的被派往各地驻防。
于家军不同于其他旧式军队，他们对于后勤依赖性很强，特别是有关他们使用的武器弹药，几乎全部要靠福建那边进行供应，十万大军集中在北方驻防，会给于家军造成沉重的后勤负担。
所以于孝天一边扩军的同时，一边将兵马调往南方，分驻在山东、南直隶、湖广、河南等地，主力基本上是沿着长江一线进行安置。
这么一来，后勤部门给这些兵马进行补给的时候，就可以先走海路到松江府，然后转入长江逆流而上，以船运来维持这些兵马的所需。
到了十月间的时候，陕西洪承畴方面传回了一个相当不错的消息，在孙传庭的配合之下，他们东西两面夹击，将罗汝才所部从湖广赶到了南阳一带，孙传庭领兵赶赴南阳坐镇，逼得罗汝才不得不放弃继续留在南阳一带活动，率部逃回了陕西洛南一带。
结果洪承畴已经提前在洛南一带布置好了埋伏，当罗汝才率部逃入洛南一带之后，立即便被洪承畴率兵堵在了洛南南面的八里桥一带。
洪承畴派出于孝天给他的两个营的于家军主力，另外又调集了数千新收编的一些陕兵，猛击罗汝才所部。
结果罗汝才当场被一颗米涅弹击中了小腹，身负重创落马被擒，而他麾下率领的三万多流民军，也当即被洪承畴打的冰消瓦解，俘获流民军兵将近两万人之多。
洪承畴果真杀心颇重，大捷之后立即便下令将罗汝才所部之中两千多核心的人员和头领全部屠杀，剩下的则遣散回乡进行安置，或者干脆直接就地安置，将其转化为了农民，使得罗汝才这伙流民军彻底被剿灭掉，而且再无重新复起的可能性。
这个消息对于于孝天来说，当然是个相当不错的好消息，于是他立即令中书省拟旨，重重的褒奖了洪承畴和孙传庭一番，并且拨发三万两白银，作为犒赏之用。
这个时候各路流民军算是知道了于家军的厉害，原来他们没有和于家军打过交道，根本不清楚于家军到底厉害在什么地方，但是经过这段时间和洪承畴、孙传庭过招之后，他们才发现，以前他们对付官军使用的那些老办法似乎都不管用了。
不管他们使出什么计谋，不管他们的兵将多能打，但是只要和洪孙二人麾下的那支全部装备火枪的于家军碰上，就只有被一边倒的屠杀的份。
李自成刚刚缓过来一口气，便又被洪承畴盯上了，洪承畴这一次没有先拿李自成开刀，而是先集中精力，干掉了混十万马进忠、整齐王张胖子、满天星张大受等几路流民军，逼得他们或散或降，接着又会和孙传庭，干掉了罗汝才一部，使得李自成所部虽然保存了他们的主力，但是也失去了其它几路流民军的配合。
崇祯十二年底，张献忠在孙传庭的追击之下，逃入到了汉中，洪承畴遣一个营的于家军，另外佐以麾下猛将曹变蛟率领五千新编陕兵，入汉中一带开始追讨张献忠所部。
张献忠在汉中一带被逼无奈之下率领残部的两万多流民军，和曹变蛟所部进行了一场决战，起初曹变蛟率兵和张献忠交战并未占到便宜，张献忠亲自率军猛击曹变蛟所部，曹变蛟兵力比较少，架不住张献忠所部的猛攻，于是只得败退。
张献忠看到曹变蛟被击退，兴致大起于是立即挥师掩杀，但是当曹变蛟率部逃出十几里进入一个狭窄的山谷之后，却在山谷一头停驻了下来，回身死扛张献忠所部，将张献忠麾下的六七千兵马引入到了这个山谷之中。
张献忠是个老油条，在前锋进入山谷之后，感觉到事情似乎有点不对头，便下令剩下的兵马不再进入山谷。
结果进入山谷的那六七千张献忠的手下，被一支于家军拦腰截断在了山谷之中，配合另一端的曹变蛟，将这六千多张献忠的部下堵在了山谷之中，乱枪齐发，地雷不断的被引爆，结果这六千多张献忠的手下有两千多人当场被杀，剩下的全部弃械投降，成了官军的俘虏。
张献忠发现前面山谷有埋伏，根本不敢停留，率领残部掉头就跑，曹变蛟和那个于家军的营长在解决了山谷中那些张献忠的手下之后，立即开始率兵猛追张献忠。
张献忠弃了汉中，一头闯入到了四川境内的保宁府之中，试图故技重施先在四川境内歇兵一段时间，然后再谋出川进入湖广。
但是现在已经不是一年前的时候了，四川新换上了一个巡抚，乃是于孝天亲的老相识熊文灿熊大人。
熊文灿当年因为于孝天的事情，受到牵连，结果没有能按照历史上那样，走马上任当上五省总督，而是被罢官去职削职为民，赶回了四川老家养老。
现如今于孝天手握大权，当然没有忘记熊文灿这个老相识，于是以崇祯的名义，将其复起，暂时先留在四川当巡抚，主持四川的剿贼之事。
熊文灿对于于孝天如此念旧，相当的感激，上任之后在四川境内，大刀阔斧的按照于孝天的指使，推行各种新政，并且利用于孝天当年拨发给他的二百家丁为骨干，在四川编练出了一万五千新军。
这些四川的新军军官基本上全部都是于家军旧部出身，受过于家军陆军讲武堂的专业培养，而且其中大部分人都善于山地作战，虽然熊文灿编练出来的这支新军数量不多，装备也达不到于家军的水平，但是作战意志却并不比于家军弱到哪儿去。
这一次洪承畴和孙传庭联合进剿张献忠所部，提前知会了熊文灿一声，熊文灿得知消息，便立即派兵加强了夔州府、保宁府一带的防务，把新编练出来的一万多新军，大部分派往了保宁府一带布防。
结果张献忠不知情的情况下，率领残兵败入保宁府境内，不等张献忠化整为零遁入山林之中，在利州卫便遭遇到了川军的强悍阻击。
三千川军新军在几十个于家军旧部的率领之下，在利州卫挡住了张献忠所部的去路，双方随即展开了一场激战。
这三千川军的新军，虽然装备质量远不如于家军正规军，但是却十分善于山地作战，而且有什么样的军官，就带出什么样的兵，这些新军都是老实巴交的山民出身，服从意识很强，作战十分勇猛。
虽然他们装备的主要还是冷兵器，以刀牌长矛和弓弩为主，可是他们当他们堵住了张献忠所部之后，还是打的十分坚决，在兵力有限的情况下，他们堵在一座山口，死战不退，于家军旧部的几十个军官，各个身先士卒率众顶在最前面，使得剩下的兵卒们也无人后退，前赴后继的死战。
张献忠后有追兵，前有堵截，看到这批川兵火器并不犀利，于是发了狠的进行猛攻，甚至于不惜血本的把他最亲信的兵马也投入了战场，一连发动了数十次的进攻。
可是这三千川兵新军，却如同一座大坝一般，任凭他们如何冲击，犹自岿然不动，双方在利州卫的这座山口杀的是天昏地暗。
因为武器不太给力，这批川兵新军伤亡也很大，但是他们使用了方阵战术，刀牌手和长枪兵有效配合，加之后面的弓箭手配合，进行稍远距离的发射，使得张献忠所部屡攻不下，反倒是在山口处损失惨重。
张献忠麾下三员猛将，都折在了这批川军阵前，双方厮杀一天下来，张献忠却始终无法突破这伙川兵的阻截，只得下令收兵后退，准备绕道放弃进入利州卫，改道逃往其他地方。
但是让他没想到的是已经打得筋疲力尽的这些川兵，居然依旧没有放弃，军官率领剩余的那两千川兵，死咬住了张献忠所部，一边大呼张献忠死了，一边猛追猛杀。
张献忠所部本身这段时间就被打的够呛，兵将们已经成了惊弓之鸟，这会儿后撤的时候，更是混乱不堪，突然间听闻川兵大呼张献忠死了，许多张献忠的部下并不清楚到底是真是假，顿时军心崩溃，漫山遍野的开始四散奔逃。
张献忠狂呼大叫，试图收拢住他的溃兵，可是那些川兵如同饿虎一般，不断的猛冲猛打，更是加重了他麾下兵马的混乱程度，最终张献忠到底还是没有能力挽狂澜，整个兵马全部被川兵冲散、
张献忠如同丧家之犬一般，带着几十个亲兵掉头狂奔，幸好川兵没有骑兵，让他得以逃脱。