中岛虽然借着大雨喘了口气，但他决定放弃首里。在首里防卫战这场拼死血战中，日军已伤亡6万多人。其精锐部队第62师团、第24师团和第44独立混成旅团早已筋疲力尽，疲惫不堪。在美海舰炮、地面火炮、飞机轰炸以及坦克、火焰喷射装甲车等强大火力打击下，他们几乎没有还手之力，只能凭着险要的工事，用士兵的生命一个一个地拼杀，以期阻挡美军步兵的进攻。尽管如此，中岛的撤退决定还是遭到一部分军官的反对，但中岛坚持认为，再坚守首里必然加速冲绳的陷落，于是，他断然下令后撤。
从莱特海战后期开始，日军就试图利用“神风”自杀性战术，对付日渐强大的美国海军。在冲绳岛守卫战中，日军对这种战术的使用达到了疯狂的程度。自美军登陆那天起，日军动用了1500多架飞机，对云集在冲绳附近海面的数百艘美军军舰，发起了五次大规模的攻击。数百架飞机冲破密集的高射炮火力网，俯撞到美军各类军舰上，致使美军近20艘军舰沉没，另外25艘被撞得遍体鳞伤。
5月25日，为了配合中岛从首里撤退，一支日军敢死队乘坐5架轰炸机，对岛上的简易机场进行自杀性攻击。当这些满载炸药的飞机呼啸而来时，其中4架被美军高炮击落，1架擦着地面强行降落，敢死队员从机舱跳出来，他们四处散开，向停在跑道上的飞机扔手榴弹。美国士兵被这突然的袭击惊得目瞪口呆，眼看着7架飞机被击毁，26架被打坏，一个储油罐燃起大火。当然这些袭击者一个也没活下来。
日军又开始了在海面上空的“神风”行动。在十几个小时的袭击中，170多架飞机轮番向美军舰船发起自杀行动，撞沉“贝兹”号驱逐舰和1艘登陆舰，另4艘舰船遭受重创，不得不凿沉或废弃。日军飞行员的疯狂行为使美国人不寒而栗。
日本人精明会算账，他们相信，“神风”特攻是克服日本比美国生产率低所造成劣势的最好办法，只用一个人和一架飞机就可以击伤或击沉一艘航空母舰或其他军舰，并让成百上千的敌人与自己同归于尽，他们认为是赢家的买卖，死也是值得的。
首里一带仍下着倾盆大雨，中岛从地下司令部出来，带着第62师团和第27坦克联队借着大雨的掩护向后撤退。
恶劣的天气，连日苦战又困又饿，使这支部队像一群要饭的乞丐，衣衫破烂，面黄肌瘦，尤其是伤病员，因缺乏药物伤口化脓溃烂，雨中他们三三两两在护理人员的搀扶下，摸着黑暗中导路的绳索向前移动。
一直没有停息的大雨，掩护了中岛带着大部分人马逃脱。中岛在离首里9英里处，在一个悬崖旁边的山洞里设立了新的司令部。悬崖下面就是蜿蜒的海岸，第32军是背海死守，如今没有任何退路了。
一天以后，日军的撤退行动被美军察觉，美军立刻用地面炮兵和海上支援舰炮封锁了各条道路和交叉路口。5月29日，海军陆战队第1师向首里高地一带发动进攻，随即他们又向首里城区冲击，遇到比较顽强的抵抗。
5月31日，美陆军和海军陆战队分两路向古城首里挺进，他们几乎没遇到像样的抵抗，便翻过了残缺的城墙，占领了整个城区。此时的首里，在迫击炮、重炮和舰炮的猛烈轰击下，已成了一片瓦砾，只残存两所建筑，一所是师范学校，另一所是临理会教堂。废墟中仍冒着黑烟，到处弥漫着死尸的腐臭。
中岛的新防线主要设在首里南方6英里处的一座珊瑚山上。它像一堵大墙，横切冲绳南端大部分地区。这座山比前田高地更高更险峻，并很巧妙地凿有隧道和炮位，日本人准备在这座背靠大海的山地，作最后垂死的抵抗。
美军突破日军防线占领首里城的当天，巴布纳将军轻松愉快地宣称：“除了还要消除小股抵抗以外，现在一切都结束了。”
后来，随着清剿战斗的深入，他才发现日军的防御并非一触就崩溃瓦解。美军几乎在每个洞、每条隧道都要用炸药、喷火器才能彻底歼灭抵抗的敌人。
6月1日，美军继续向南攻击。连日的大雨使道路被双方军队踏出一层厚厚的泥浆，天空依然覆盖着阴沉的云层。美军分东西两路包抄推进。他们先占领了东面一个没有人把守的小岛，接着向小绿半岛发起进攻，遭到守岛的日军抵抗。
6月5日，下了十几天的雨终于停了。美军坦克开了上来，但地面仍未干。许多道路十分松软，坦克无法通过。直到6月10日，这些离开了坦克就不会打仗的美军士兵，才开始对八重山发动进攻。美国人给八重山起了个名字叫“大苹果”。第96师一个团通过两天的连续炮击，推进到“大苹果”的北面，修筑稳固的阵地。
小绿半岛上的战斗进行到白热化程度。日军殊死抵抗，他们知道自己没有任何退路，因此士兵一般都是战死为止，绝少有投降的。虽然岛上2000余名日军全部被击毙，但在激战中也使1600多名美军伤亡。
6月15日，美军占领了小绿半岛。他们在一个地下指挥部发现日军太田实海军少将和5名参谋人员的尸体。这些日军是割喉自杀的，尸体躺卧在草席上，洞里一股浓烈的血腥味。
中岛现在除了依靠步兵作垂死顽抗外，几乎没有炮火来阻击美军的进攻。而且通信联络极差，预定的增援部队也没有按时到达。日军退守珊瑚山后，没有能够组织有效的反攻。美军节节推进，巩固所占的每一块阵地，到6月13日夜，日军防线的整个东半部已开始崩溃。
战斗发展到逐个争夺洞穴。
有一个巨大的迷宫似的地洞，里面躲着300多名日军士兵和800多名平民。美军在一个多星期的时间里，一直向洞里扔掷烟幕弹，迫使洞里的人出来投降，但这个巨洞有许多层，里面还有暗河，残余的日军一直藏在里面不动。
从小绿半岛逃出来的宫城少尉也躲在洞里。他很幸运，在洞里遇到了自己的妻子贝蒂，她是夏威夷人。宫城以前是冲绳最有名的“空手道”专家。他的妻子被烟幕弹呛得失去了知觉，他自己也被烟呛得喘不过气来。于是，他背着妻子蹚着齐腰深的泥水，向山洞深处走去。
越往里走，水越深，流水很快没到他的肩部。当流水比人还深，他便把蜡烛交给已醒来的妻子，用嘴咬着妻子的衣服，奋力往前游，每游出一步远，他都累得两眼冒金星，想停下来，但脚下总是深深的烂泥。他拼命挣扎着，后来，脚下终于踏到硬实的底面。宫城夫妇登上一个高坡，感觉到一股凉风袭人。他们想，洞口离这里一定不远。
他们走到洞的出口处。贝蒂喊了声“哈罗”，她告诉上面的美国人，她是夏威夷人，跟她在一起的还有她的哥哥，他们想到地面上去。“我们会帮助你们！”美国人大声喊道，“出来吧！”
他们爬出洞口抬头一看，发现眼前是个四面陡壁的大坑，离地面还有近20米，沿着坑站着一圈端着枪的美国兵。有人扔下绳梯，10多个美海军陆战队员顺着绳梯下来，帮着宫城夫妇爬了上去。他们俩不仅没有被枪毙，美国人还对他们爽朗地笑着，并把食品、水和香烟送给他们，一位尉官还和宫城握了握手，陆战队员高兴地拥抱了他俩。这一切把他们搞蒙了，因为据日本官方宣传，做了美军的俘虏那是必死无疑，他们几乎不敢相信这一切是真的。
美国士兵把一桶桶汽油搬到洞口，很显然，美军要烧毁这个洞。宫城看见十分着急，他激动地打着手势，试图说清楚，汽油在洞里燃烧，不仅会烧死在上层坑道的日本士兵，也会烧死在下层坑道的平民。他自告奋勇地向美国兵提出，自己再回到洞里把老百姓带出来。他换了件崭新的美海军陆战队军装，重新回到洞里，闯过日军警卫的拦阻，把洞里800多位平民全部带了出来。
在进行洞穴争夺战时，大部分日军士兵死活不肯从洞里出来。美军就用炸药、喷火器、汽油攻击，每天均有近千日军丧命地下。
6月13日深夜，日军第7师团27联队长金山大佐把所属军官集中到指挥所。他站在一块方石上说，第7师团预定在拂晓进行反攻，但他不打算按命令行动。他的联队只剩下几十个人，而其他部队的情况也差不多，他认为有组织地进行战斗已经不可能了。
金山擦着一根火柴，点燃了已浇上汽油的军旗，转身对大家说：“过去三个月中，你们经历了千辛万苦，诸位打得如此出色，我表示感谢。现在，我宣布解散这个联队，你们可以自谋生路，想回本土的可以试试。我是要死在这里的，你们不必分担我的责任。”
他的部下一时不知如何是好。由于平时的军国主义教育，以及受武士道精神的影响，有人喊道，要死战到底，反对自谋出路。金山抽出指挥刀，再次望着部下说，不要仿效他，赶快寻路逃生，说完便切腹自杀了，他的参谋也朝自己开了一枪。
到6月27日左右，中岛的32军已成了一盘散沙，已无军纪可言。他们像一群被严密围困着的猎物，被美军打得晕头转向，不知所措。士兵拒绝听从军官的指挥；为争夺食物和水在洞穴里像野蛮人一样相互拼夺扭打；随意杀害当地平民，强奸妇女。日军已经完全失去控制，陷入过一天算一天的绝对失望中。
在冲绳南端如蜂窝的几百个山洞里，无论是士兵还是跟着来的平民都面临死亡。从坦克到岸边的舰艇上，美军均在用广播喇叭播放要求他们投降的命令。大批平民和不少日军从藏身的地洞出来。27日就有4000多冲绳平民和800多名日军士兵投降。士兵们出来时，按照美军的指令，全都光着上身。其中有一个士兵拿着战刀来到美第7步兵师的阵地前，他立正敬了个礼，把军刀交给美军汉纳上士。另一个士兵拿着一本日英字典，查了一会儿用蹩脚的英语高声说：“我们打败了，悲惨，丢脸。”
中岛在司令部里等待最后时刻的到来。司令部设在一个陡峭岩壁上的山洞里。洞很深，靠近岩壁的洞口下面就是大海，垂直水面近百米。另一面的出口面朝摩文仁村，美军正一步步地逼近。
中岛手上拿着一份巴克纳将军的劝降书。这份劝降书被空投到山上后，由参谋刚刚送来。看完劝降书，中岛没有吭声。长勇接过劝降书，上面写道：“阁下的部队作战英勇顽强，你的地面战术赢得了你的对手的尊敬。与我一样，你也是个陆军将领，长期研究和运用步兵战术，因此，我相信你与我同样清楚，彻底摧毁本岛日军的抵抗，不过是时间问题了……”
长勇看完劝降书却突然大笑起来，他一个武士怎么能容忍这种建议。惨败恶化的局势使得这位崇尚武士道精神的军国主义者近乎疯狂。
中岛在等待着。他似乎很沉静，两眼茫然又像是若有所思。这两天他不是躺在行军床上，就是读诗写诗。他始终保持着冷静，对战斗已没有什么可过问的了，他就与身边的勤务兵闲聊，像位普通老人那样去抚摸年轻勤务兵的头，询问他们的家庭情况。
长勇却像一头被关在笼子里的野兽，在洞中窜来窜去，有时突然停下来，抓住自己的军刀，两眼发直，冒着阴森的光，像遇到什么，哼了声又转身走开。
6月18日，对美军来说是个不幸的日子。巴克纳将军在前线视察一支新的海军陆战队进入阵地的情况，他在阵地上观察了快一个小时。当他走下观察所时，一发日军的炮弹刚好在他的上方爆炸，珊瑚礁被炸得乱石横飞，一片尖珊瑚正好击中他的胸膛，顿时胸前鲜血喷涌，10分钟后他便停止了呼吸。
在最后的几天里，中岛剩下的部队被分割成互相隔绝的三块，美军准备一块块地吃掉。
东京大本营下令再发动一次大规模的“神风”袭击，但一切都晚了，已无法挽救或延缓中岛第32军彻底灭亡的命运。
中岛在山洞里下达了最后一道命令，他要求部下战斗到底，为所谓的永恒事业而牺牲，但不要去进行自杀性的冲锋。他指示第32军的残部可以换上便衣，突围出去潜伏在敌后，组成小股游击队，继续坚持战斗。
接到中岛的命令，当晚就有人企图趁黑突围，但被美军察觉。整个战区骤然升起许多照明弹，亮如白昼。突围的日军被机枪追杀，没死的又慌忙钻回洞内。
第二天中午，一串炮声从洞外传来，原来美军坦克已接近洞口前方的摩文仁村，正朝村南山上的洞口开炮。此时，中岛正在理发，当理发师收拾理发工具时，长勇走到中岛面前，鞠了一躬说：“非常感谢你。”
“长勇君，这是为什么？”
“我提议反攻时，本以为你不会听我的意见，”长勇说，“非常感谢，你却听了，并按预想方案进行。”
“哦，我想那不算什么难办的事，”中岛说，“你应该知道，我向来主张让部下自己作出决定。”
“我当时想，你如果不批准我的计划我就切腹，”长勇仍低着头，粗声说，“你不仅听从了我的建议，而且还是笑着回答的，没让我费多大事，所以，我想在今生你我分别之前，再一次感谢你。”
说完，长勇又鞠了一躬，然后退了出去。中岛仍然是轻轻一笑，笑得十分凄凉。
那天晚上，在冲绳最南端靠近海岸的一个荆棘丛里，冲绳师范学校军事教官仲宗根率领的13名护士准备集体自杀。她们也想象所谓真正的日本人那样死去，当然，她们也因为害怕美国人，也不了解美国人，认为被美国兵抓住了或投降了必死无疑。姑娘们围坐一团，唱着歌，准备用手榴弹自杀。
仲宗根心潮起伏，总觉得不对头，便独自离开走了走，想让风吹吹，或许能清醒一下已经麻木的大脑，他想这么莫名其妙地死去，太没有价值了。
天快亮了，一群美国士兵正慢慢向他们走来，仲宗根转身回到姑娘身边，发现这些年轻人紧紧抱成一团。那个捏着手榴弹的姑娘问道：“仲宗根老师，现在死行吗？”
仲宗根让她们等一等。他想再拖些时间。两个年纪最轻的姑娘伤心地哭起来，叫喊着自己的妈妈，仲宗根让她们离开了圆圈。那个拿着手榴弹的姑娘又问，是不是到时间了。仲宗根仍然叫她等一等。他走出荆棘丛，拦住了一群美军，一个美国兵在纸上写下：食物、水。他点点头。
仲宗根带着美军来到姑娘们面前，试图使她们相信，美军不会用任何方式伤害她们，但她们本能地惊恐地抱成一团。直到她们看见一位美国士兵一手拿着枪，一手抱着个婴儿，不停地哄慰正在哭啼的小孩，她们才渐渐散开，放下心来。仲宗根一边拿掉姑娘手上的手榴弹，一边问自己这算不算投降，但不管怎么说，他至少救了他学生的生命。
6月21日晚，中岛给大本营发了最后一份电报：“我们的战略、战术和方法都已用到头了，但是，在物质上占优势的敌人面前，这些都没有多大效果。”
长勇也在写诀别信，希望有人能带到日本本土去。
6月22日清晨，卫生员开始给受伤的日军注射超量的吗啡，以便使他们能在昏睡中死去。
中岛叫理发员最后给他理一次发。此时，美军已占领山洞的北半部，离中岛不到50米。中岛倒了一杯威士忌与部下喝了最后一杯酒。
傍晚，中岛和长勇双双跪在一张席子上，长勇把头放得很低，伸长脖子，一位曾是五段剑师的坂口大尉，举刀砍了下去，因他右手负了伤，砍得不够深，藤田军曹接过刀，一刀便把长勇的脑袋齐颈砍了下来，滚落在地。
中岛解开军装露出腹部，用一把匕首将其切开。随后，他的头被部下砍了下来。7个参谋均用手枪自杀了。
同一天，嘉平纳机场附近的美军第10集团军军部，军乐队奏起美国国歌，军官站立在旗杆旁敬礼，星条旗在空中飘扬，表明美军已占领冲绳岛。
又经过10来天的艰苦战斗，美军彻底清剿了躲在洞穴里的残余日军，到7月2日，冲绳岛战役正式宣布结束。
冲绳岛战役，从一开始美日双方都清楚，败者注定是日本人。无论从兵力、装备和士气上日本人不过是作垂死的挣扎。但这又是太平洋战场规模最大、场面最惨烈的一次战斗。日本人从未在哪一次战役，集中过这么多的大炮，而美国人在太平洋战场上，这次战役打出的炮弹最多。
在整整3个月的战斗中，美军在地面和海上的战斗中有1.2万多人丧命，近3万人受伤，是太平洋战争中损失最惨重的一次战役。而日军伤亡更加惨重，整个第32军全军覆没，日本士兵至少有11万人在战斗中被击毙，2万多人被埋在洞穴里，1万多人被俘或投降。此外，大约有7万多冲绳平民伤亡。
在海上，日军海军联合舰队几乎丧失殆尽，经过冲绳海战，基本上丧失了战斗力。包括超级战列舰“大和”号共有16艘军舰沉没海底，800多架飞机被击落。
美国海军此役也受到巨大的损失，这主要是日军“神风”敢死队的自杀性攻击造成的。有34艘美国舰只被“神风”敢死队撞沉或击沉，同时损失了760多架舰载飞机。这是在整个太平洋战争中，美国海军损失最大的一次。丘吉尔在6月22日打电报给杜鲁门总统，评价冲绳岛战役是史诗般的战事，将列入军事史上最激烈、最著名的战役而流传后世。
冲绳之战，日军除了兵力上处于劣势，在物力和财力上也到了山穷水尽的地步。日本人输掉了在本岛外的最后也是最大的一场战役。