他为祖国争得了极大的荣誉，法国政府为他颁发了大十字勋章，并建立了以他的名字命名的“巴斯德研究院”。
路易·巴斯德在生物科学和医学科学上的贡献都是无与伦比的。然而，更为重要的是，他运用自己学到的知识解决了许多生产中的实际问题，在十分简陋的条件下，他以自己对祖国和科学事业的热爱，解决了当时法国在啤酒业、养蚕业、畜牧业和医学上的许多疑难问题，为法国争得了极大的荣誉。并在世界科学界赢得了广泛的尊敬和崇拜。
巴斯德虽然在科学上很有自己的见解，不愧为一代科学大师。但是，他的脾气太急噪，经常为了科学上的一些问题和对手争得面红耳赤，有时甚至于到了要动武和决斗的程度。
巴斯德同普歇的论战结束不久，可能是为了改变一下生活环境，1865年他离开了巴黎，把家搬到了法国的一个小城镇上。当时的巴斯德，还没有什么大名气，因此，他来到这里以后，这个小城镇的市长就跑来问他：“先生会办什么事情？”巴斯德为了在这个小镇上长期住下来，就随口回答了一句话：“我什么都能办。”就这一句话，给巴斯德带来了极大的荣誉。
巴斯德住的这个小镇是法国盛产啤酒的地区。有一天，市长大人来找他，原来本地的啤酒在制造中出了问题——好好的啤酒变酸了。因为巴斯德说过他什么都能干，那么啤酒变酸他也一定能解决了，所以市长就找上门来了，要求巴斯德帮助解决一下。
这时巴斯德刚刚结束了和普歇的论战，他已经对微生物有了十分深刻的了解和认识。于是，他就向造酒的人们要了一点儿变酸了的啤酒，并且把它放到了显微镜下面，进行了仔细的观察。他发现，在酸啤酒中有一种小小的微生物——今天我们称之为“乳酸杆菌”的小动物。当他把好啤酒放在显微镜下的时候就没有这种小动物。看来，正是这些个小家伙使啤酒变酸了。既然知道了啤酒变酸的原因，问题就好解决了。首先，啤酒好坏不用尝了，只要让巴斯德先生用眼睛一看就知道了。已经酸了的啤酒怎么办呢？巴斯德先生有一个最好的办法：重新煮一煮就行了（其实这就是巴斯德灭菌法）。当然，这样一来，啤酒中的乳酸杆菌全都被煮死了，啤酒也就不会再变酸了。
从此以后，这种高温消毒的方法就广泛的流传开了，巴斯德的名气也就越来越大了。但是，巴斯德不仅得到了人们的尊敬，同时也被当地的人们真的看成了“什么事情都能办的人”。后来，法国发生了大面积的蚕病，于是，人们真的又来找巴斯德先生了。
巴斯德在丽里居住的时候正赶上法国发生大面积的桑蚕病。由于桑蚕的大批死亡，法国的蚕农们受到了严重的损失。于是，人们又想起了使啤酒业挽回损失的那位“什么事情都能干的人”——巴斯德了。于是，市长又亲自出马，去找巴斯德先生了。
在当时的法国，科学技术已经如此的深入人心，人生了病找医生和科学家，蚕生了病也找医生和科学家（而在当时的中国，大部分人还相当迷信，无论蚕生了病，还是人生了病都还没有找医生找科学家的习惯，而是找跳大神的求神、求药）。蚕不是液体，不能直接放到显微镜下面进行检验，于是，巴斯德想办法把病蚕弄干了，然后才放到显微镜下进行仔细的观察。通过检验，巴斯德发现果然又是一些小小的微生物在作怪，蚕和啤酒不同，啤酒能煮，蚕怎么能煮呢？巴斯德为了不让蚕病蔓延，于是，告诉人们：赶快把病蚕扔掉。蚕农们听了巴斯德的话，就把病蚕全扔了，这一来可闯了大祸。
原来，病蚕身上致病的微生物——蚕病病菌是一种生命力十分顽强的小家伙。由于人们把病蚕扔得到处都是，不仅蚕病比以前更加严重了，而且还传染到了人身上，于是人们纷纷前来找巴斯德“算账”，这一段时间可能是巴斯德一生最为悲惨的日子。
巴斯德毕竟是一位伟大的科学家，他没有被困难吓住，很快就找到了对付蚕病的办法。他给人们说明了具体的处理办法：病蚕不要乱扔，先挖好一个深坑，把病蚕和蚕屎都深埋起来，然后把病蚕使用过的器皿都进行一下高温处理，蚕病就不会再出现了。
巴斯德再一次利用他的聪明才智，战胜了病菌。巴斯德对蚕病的处理，不仅挽救了的法国的桑蚕业，而且选出了没有传染病的“纯净”的蚕种。这些蚕种不仅流传于整个欧洲，而且流传到了世界的许多地区。
由于巴斯德接连取得了好几次胜利，人们对他更加崇敬了。过了不久，法国的大部分地区开始流行鸡霍乱，于是，人们理所当然地又找到了巴斯德。
就是在对鸡霍乱的研究中巴斯德走上了一条新的成功之路。
巴斯德发现，鸡霍乱病传染性非常强，几乎防不胜防。一只健康的小鸡只要吃了病鸡排泄物中的食物以后，很快就被传染上了。更为要命的是，这种病的死亡率非常高，有时竟高达百分之九十以上，也就是说被传染上霍乱病菌的鸡很少有幸免于难的。鸡染上这种病以后，一开始先变得没精打采的，好像睡着了一样；到了第二天就站立困难了，一般活不到第三天就东倒西歪地走不成路了，然后很快就倒下去死了。
巴斯德接受了任务以后，立即动手进行各种实验。他先成功地分离出来了这种致命的霍乱病菌，然后把它放到显微镜下进行了观察。
为了弄清小鸡生病的全过程，巴斯德还对小鸡进行了接种实验。就是在对小鸡进行病毒的接种实验时，巴斯德意外地发现：如果用新鲜的菌液注射到小鸡的身上，这只小鸡就会染上这种致命的霍乱病，如果用放了一段时间的菌液注射到小鸡身上时，小鸡就只有轻微的症状，而且很快就好了。更为有趣的是，当再把新鲜的菌液注射到这些受到过轻微感染的小鸡身上的时候，小鸡也不再生病了。
于是，巴斯德得到了一个防治鸡霍乱的最好的方法——给健康的小鸡预先注射上放过一段时间的、毒性不大的菌液，这些小鸡就再也不会患这种病了。
这种防治传染病的方法很快就用到了其它动物的身上。
当时全欧洲都在流行一种极为危险、神秘的疾病——炭疽病。
最初这种疾病是先从牲畜身上开始的。得了这种病的牛、羊和其它牲畜死亡率高达百分之九十以上。得病的症状是：先表现出来的是行走困难，抬不起头来；然后是浑身发抖、喘不过来气；最后就瘫痪下来，出血死去了。一般从发病到死亡只有几个小时。就在巴斯德把小鸡从死亡线上挽救回来的时候，这种可怕的病，已经给法国造成了极为严重的损失。更让人担心的是，在俄罗斯，这种可怕的、神秘的怪病不仅造成了56000头牛的死亡，而且已经传染到了人的身上，到1879年已经有500多人死于这种怪病了。
巴斯德立即就把他在鸡瘟防治中取得的方法运用到了炭疽病的防治上。
巴斯德先成功地从死亡了的动物的身上分离出了导致牲畜染上这种可怕的疾病的微生物——炭疽杆菌。紧接着他又用温度为42—43度左右的培养液培养出了只有轻微毒性的菌株。然后进行了成功的接种实验。
1881年5月5日，巴斯德当着一大群对他的实验并不相信的人们进行了他的接种实验。他先把接受实验的牲畜分成了两部分，一边是注射了具有轻微毒性的菌液的牲畜，一边是没有注射过这种菌液的牲畜。过了一些时间后，他又分别给这两部分牲畜都注射了具有强毒性的菌液。很快，没有注射过具有轻微毒性的菌液的牲畜开始患病、死亡了，而事先注射过具有轻微毒性的菌液的牲畜什么事儿也没有。实验终于成功了。
尽管保守的人群中还有人对巴斯德进行各种各样的冷嘲热讽，但是，大部分相信科学的人都对巴斯德表示了极大的感激与崇敬。
巴斯德最杰出的贡献就是成功地防治了可怕的狂犬病。
狂犬病也叫恐水病，是被得了狂犬病的动物咬伤后得的一种十分可怕的病。凡是得了这种病的人，在当时没有一个能治好的，只有死路一条。巴斯德很小的时候看到过人们给一个被疯狗咬了的小孩治病的情形：几个人按着这个可怜的孩子然后用烧红了的烙铁在他的伤口上烫。孩子被烫时发出的悲惨的尖叫声给巴斯德留下了终生难以忘记的印象。
巴斯德先在一个死去的男孩的身上分离出了狂犬病的病毒，然后又小心翼翼地在动物身上进行了接种实验。这一次巴斯德又成功了。当巴斯德经过千辛万苦终于制成了狂犬病疫苗的时候，已经是1885年了。巴斯德当众明确宣布，他已经可以治好有这种病的动物，可以让它不再发病了。巴斯德制成的狂犬病疫苗不仅可以防止人们被动物咬伤后得这种病，而且还可以用这种疫苗治好已经被动物咬伤，得了狂犬病的人了。
接受巴斯德用免疫方法进行治疗的第一个病人是9岁的小男孩梅斯特。
这是一个勇敢的孩子，当一只疯狗向孩子们冲过来的时候，他挺身而上和这只狗打了起来，使其他孩子都脱离了险境。当他被送到巴斯德面前的时候，真是悲惨极了：他的手上、脚上、腿上到处都是伤口，别的医生都认为已经任何没有希望了，但是，巴斯德还是抱着试一试的心情收下了这个可怜的孩子。
巴斯德先给梅斯特注射了具有最轻微的毒性的菌苗，然后逐渐加大疫苗的新鲜程度。因为越新鲜的菌苗危险性越大，因此，巴斯德耐心地、缓慢地进行着这项令人悬心的工作。他第一次注射的是14天前的菌苗以后就一天一天地往前提，最后一次，他给梅斯特注射了仅仅死去了一天的动物身上取得的菌苗，真是太危险了！但是，这一次巴斯德又胜利了，小梅斯特终于恢复了健康。后来他就当上了巴斯德的看门人，终生留在了巴斯德的身边。
由于巴斯德终于攻克了治疗狂犬病的难关，他一下子就成了全世界唯一能够治疗这种可怕的疾病的专家。于是，几乎全欧洲的病人都给巴斯德送了来。从1885年7月——1886年10月，在一年多的时间里，巴斯德先后一共治疗了2500多个狂犬病人，治愈率高达百分之九十九以上。据洛伊斯·恩·玛格纳统计，从治好第一个狂犬病人到1935年为止，巴斯德研究所先后共治疗了51057个病人，其中有151人死亡，失败率不到百分之一。
在巴斯德治疗狂犬病的记录中，有过一次影响最大的病例。
当时，巴斯德治疗狂犬病的工作刚刚开始不久。有一天，人们一下子给他送来了19个俄罗斯人，他们都是被一只非常可怕的狂犬咬伤的，伤势都很严重。巴斯德立即投入了紧张的治疗工作。尽管这些俄国人伤得十分严重，而且从俄罗斯跑到法国巴黎，已经耽误了最好的治疗机会，但是，巴斯德使用他的注射狂犬病疫苗的方法，仍然成功地治愈了其中的15个人。这在当时是不可想象的，就好像今天一个高明的医生一下子治好了15个晚期的艾滋病人一样，是一个真正的奇迹。
这15名被巴斯德治好了的俄罗斯病人在返回家乡的路上对巴斯德的功绩进行了狂热的宣扬，这15个病人的返乡之行不像是一次长途跋涉，却更像是一首庆祝巴斯德向科学进军取得胜利的颂歌。这一行动就足以使伟大的巴斯德名垂青史了。
为了表彰巴斯德的功绩，俄国沙皇给了巴斯德100万金法朗，法国的巴黎建立了著名的巴斯德研究院。在捐赠庆典上，法国国家军乐队高奏了宏浑的凯旋乐，法国国家元首亲自向他授与了大十字勋章。这是不可想像的荣誉，是打了大胜仗的高级将领才能享受到的最高的荣誉，是只有拿破仑才能得到的荣誉。
在荣誉面前，巴斯德显示了一个伟大科学家的高尚品质，在授勋仪式上巴斯德坚持：功绩不是他一个的。并使他的助手和他一起分享了这个荣誉。
巴斯德于1895年去世，他留下的名言是：“在观察的领域中，机遇只偏爱那些有准备的头脑。”