从18世纪起，牛顿开始被认为是现代首屈一指的伟人，一位理性主义者，一个教会我们在冷静的和纯粹的理性路线上思考的人，牛顿的名字一直是科学的代名词。18世纪伟大的诗人亚历山大·薄柏总结了世人对牛顿的评价：自然和自然规则在黑夜中躲藏，主说，让人类有牛顿！于是一切被光照亮。这句诗铭刻于牛顿的墓志铭上。
但是，牛顿的真实面貌其实并不完全像我们在脑海中习惯想象的那样。一切都源于一个神秘的箱子——牛顿的“黑匣子”，这个大箱子里，保存着曾占据和完全吸引着他那颗热情和智慧心灵的东西到底是什么的证据。那里面保存着数以百万字的他未发表过的著作。这些是牛顿在整个一生中艰难地隐藏着的秘密。
在他死后，有人试图了解这个尘封的秘密。毕肖普·霍斯利奉命检查过这个盒子，并希望出版盒子里那浩如烟海的作品，可是他看了盒子中的内容后，惊慌失措地把盒子盖上了。100年后，戴维·布鲁斯特再次查看了那个盒子，但他选择了小心地摘录和用几个严肃的小谎言完全掩盖了所有的蛛丝马迹。因为盒子中那100万字以上的鸿篇巨制，对我们的现实和科学来说几乎是没有任何意义的。
牛顿当时潜心研究的是长生不老药、基本金属向黄金转化的可变性。正像剧作家乔治·伯纳德·肖在戏剧《在好国王查理的黄金岁月》中，放大牛顿口中的话一样，剧作家借角色表达了牛顿的心声：“有如此多更重要的事情需要去做，物质的转换，长生不老药，光与颜色的魔术，压倒一切的是圣经的隐义。当我集中思想专注于这些时，我发现自己漫游开去，进入到沉思无穷系列数目的闲散游戏中，并将弧分成不可分的短三角形边。多么愚蠢！多么大的时间浪费，无价的时间！”
秘密著作的另一大部分是他推想和求索的宇宙的秘密真相——所罗门神殿的力量、启示录、丹尼尔之书和关于教会历史的数百页论述。
文献还表明了牛顿对炼金术的痴迷。在1650年左右的那个年代，以出版商库珀为中心的人在此后的20年里复兴了对15世纪英格兰炼金术的兴趣。在剑桥图书馆中也有着相当数目的这样的手稿，而且在那20年里，牛顿沉溺其中。这恰好是他构思《原理》的几年。他全身心地投入，试图解读传统留下来的疑团，并留下了至少10万字的实验记录和手稿。在这些奇特的研究中——牛顿一只脚在中世纪，一只脚为现代科学踩出一条路一度过了他人生的第一阶段，在剑桥三一学院的生活时期。其实，牛顿在剑桥三一学院的早期生活里就已经抛弃了正统的信仰，他完全反对古代权威的解释，而认为“三位一体”的教义应该是后来伪造的。为此还写过广泛的反三位一体的小册子。他对这种异端的持有，更加剧了他的沉默和性情的内倾。
看他那时的研究，所有人都会认为牛顿不是理性时代的第一人，而是魔法家中的最后一个。他的天性玄奥、隐秘，又有着深深的神经过敏，他的后继者惠斯顿把他评价成：“我所曾知道的最惧怕、小心和多疑的性格之一。”所以他整个地疏远女性，终身未娶。
直到《原理》的出版，才使他的习惯和生活方式有了一个彻底的改变。他的朋友们认为他必须从三一学院的生活中拔出脚来，否则它会很快让牛顿走向精神和健康的衰落。在朋友的劝说和自己的努力下，牛顿终于抛弃了他的那些魔法研究，从事了一些高贵、有酬的职业——比如皇家学院院长，宪法院教职，造币厂设计员等等。
当他的生活转折点到来之后，他才把他的魔术之书放回盒子，也同时把17世纪扔在身后，演变成传统的18世纪形象。魔法已尽忘，他成为了理性时代的智者和君王。正统的伊萨克·牛顿爵士已远离了诞生于17世纪的孩童魔法，成为我们传统中认为的18世纪的伊萨克爵士。
但是，也请相信，秘密的异端和迷信，曾是牛顿一生的研究。当然，这并不是说他不伟大。正如著名的经济学家凯恩斯所说：“请不要在此猜想我今日的目的是通过描写来贬损剑桥最伟大的儿子。我正努力宁愿像他自己的朋友和同代人看他那样去看他。他们毫无例外地视他为最伟大的人物之一。”